[发明专利]一种SNP杂合样本的半定量方法

说明书

本发明公开了一种SNP杂合样本的半定量方法，包括如下步骤：1)合成两个长度相同的DNA模板P‑ctDNA‑1和P‑ctDNA‑2，两者序列仅在中部的同一位点存在SNP差异；2)合成能通过PCR完全扩增P‑ctDNA‑1和P‑ctDNA‑2的引物P‑ctDNA‑3和引物P‑ctDNA‑4；3)按多种不同的比例混合P‑ctDNA‑1和P‑ctDNA‑2，得到P‑ctDNA‑2占比不同的DNA混合物；4)以步骤3)中混合物作为模板，以P‑ctDNA‑3和P‑ctDNA‑4为引物进行PCR扩增，然后回收条带，再以P‑ctDNA‑3为引物进行Sanger一代DNA测序，获得不同比例下SNP位点的测序图谱。本发明通过人为合成两种具有SNP差异的DNA模板，然后采用不同比例混合两种DNA模板来模拟具有多态性的SNP杂合样本，从而建立不同比例下SNP位点的重叠状态图谱，这样仅仅依靠Sanger一代DNA测序得到SNP杂合样本的图谱即可初步判断样本的SNP杂合程度。

技术领域

本发明涉及基因测序领域，具体涉及一种SNP杂合样本的半定量方法。

背景技术

Sanger一代DNA测序技术是验证Taqman qPCR结果和二代DNA测序结果的“金标准方法”，仍然被广泛使用于DNA测序。SNP是单核苷酸多态性的缩写，SNP广泛存在于人类的基因组中。对于某个特定的SNP位点，人类存在两个序列来源，一个来自父亲，另一个来自母亲，所以对于人类的SNP位点，有纯合和杂合之分：纯合是来自父亲和来自母亲的序列信号一样，杂合是来自父亲和来自母亲的序列信号不一样。对于杂合的情形，两种序列信号在存在量上是相等的，比例是1：1。杂合SNP样本的检测一般首先通过Taqman PCR和二代DNA测序发现可能杂合的位点，然后进一步通过Sanger一代DNA测序验证，由于杂合SNP样本具有1：1的不同序列信号，其测序图谱在这个SNP位置会有重叠的两个信号峰，由此可以判断在这个SNP位点上，这个人是杂合的。然而，杂合SNP样本由于DNA提取过程或者存在基因组嵌合的等原因，两种序列信号的存在量有时不是1：1存在的，有可能出现2：1、5：1、10：1、20：1等等多种比例，而这些非常规比例产生的DNA测序图谱并未被研究，因此在杂合SNP样本实际检测中，难以直接通过测序图谱分析出杂合SNP样本的杂合程度，这在一定程度上会造成误判或者漏判。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是在杂合SNP样本实际检测中，两种序列信号的存在量有时不是1：1存在的，难以直接通过测序图谱分析出杂合SNP样本的杂合程度，目的在于提供一种SNP杂合样本的半定量方法，通过人为合成两种具有SNP差异的DNA模板，然后采用不同比例混合两种DNA模板来模拟具有多态性的SNP杂合样本，然后分析不同比例下SNP位点的测序图谱，从而建立不同比例下SNP位点的重叠状态图谱，可以为正确判断SNP杂合性分析提供参考。

本发明通过下述技术方案实现：

一种SNP杂合样本的半定量方法，包括如下步骤：1)合成两个长度相同的DNA模板P-ctDNA-1和P-ctDNA-2，P-ctDNA-1和P-ctDNA-2的区别在于两者序列仅在中部的同一位点存在SNP差异，即在该SNP位点上P-ctDNA-1和P-ctDNA-2的碱基不同；2)合成能通过PCR完全扩增P-ctDNA-1和P-ctDNA-2的引物P-ctDNA-3和引物P-ctDNA-4；3)按多种不同的比例混合P-ctDNA-1和P-ctDNA-2，得到P-ctDNA-2占比不同的DNA混合物；4)以步骤3)中混合物作为模板，以P-ctDNA-3和P-ctDNA-4为引物进行PCR扩增，然后回收条带，再以P-ctDNA-3为引物进行Sanger一代DNA测序，获得不同比例下SNP位点的测序图谱。

本发明通过人为合成两种具有SNP差异的DNA模板，然后采用不同比例混合两种DNA模板来模拟具有多态性的SNP杂合样本，然后分析不同比例下SNP位点的测序图谱，从而建立不同比例下SNP位点的重叠状态图谱，这样仅仅依靠Sanger一代DNA测序得到SNP杂合样本的图谱即可初步判断样本的SNP杂合程度，可以为正确判断SNP杂合性分析提供参考。