[发明专利]一种筛选特异BCR/TCR的方法及其系统有效
申请号: | 202110273631.0 | 申请日: | 2021-03-15 |
公开(公告)号: | CN113122617B | 公开(公告)日: | 2023-07-14 |
发明(设计)人: | 张志新;卓越;杨鑫 | 申请(专利权)人: | 成都益安博生物技术有限公司 |
主分类号: | C12Q1/686 | 分类号: | C12Q1/686;C12Q1/6869;G16B20/30;G16B30/10;G16B40/10 |
代理公司: | 成都极纬知识产权代理有限公司 51320 | 代理人: | 梁鑫 |
地址: | 610000 四川省成都*** | 国省代码: | 四川;51 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 筛选 特异 bcr tcr 方法 及其 系统 | ||
1.一种筛选特异性BCR/TCR的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)分别提取N个免疫后的待测样本淋巴细胞中的mRNA;
(2)逆转录处理步骤(1)所得mRNA后,再对其BCR/TCR可变区基因进行多重PCR扩增,然后进行高通量测序,并确定BCR/TCR可变区的核酸及氨基酸序列;
(3)将测序得到的序列与未经抗原刺激样本的淋巴细胞BCR/TCR测序结果对比,获得相应的特异性免疫序列;
其中,包括所述将所有免疫后样本的BCR/TCR序列归总去重,再去除所有与未经抗原刺激样本的BCR/TCR测序结果序列集中所包含序列相重复的序列,建立特征性BCR/TCR序列集的步骤;
所述步骤(3)中特异性免疫序列的具体获得方式为:
(1)从特征性BCR/TCR序列集中去除只在N×10%个免疫后样本中出现的序列;
(2)对特征性BCR/TCR序列集中所含有的共M种具有唯一性的BCR/TCR抗原决定簇3CDR3序列分别在N个免疫后样本测序结果中出现的次数进行统计,计为X1,1、X1,2、X1,3······X1,M,X2,1、X2,2、X2,3······X2,M,······,XN,1、XN,2、XN,3······XN,M;
(3)将特征性序列集中相同BCR/TCR CDR3序列在N个免疫后样本测序结果中出现次数求和,第j种CDR3序列出现次数之和为:
(4)将特征性序列集中所含有的共M种BCR/TCR CDR3序列按Yj值从高至低排序,排序前100个或前M×10%个序列即为与抗原相对应的特异性BCR/TCR CDR3序列。
2.根据权利要求1所述的筛选特异性BCR/TCR的方法,其特征在于,所述待测样本为包含淋巴细胞的外周血、脾脏组织、肿瘤组织或体外培养的淋巴细胞。
3.根据权利要求1或2任一项所述的筛选特异性BCR/TCR的方法,其特征在于,所述待测样本为人源样本或动物源样本。
4.一种用于筛选特异性BCR/TCR的系统,其特征在于,所述系统采用权利要求1-3任一项所述的方法对特异性BCR/TCR进行筛选。
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