[发明专利]一种基于ABO基因的血型分型方法

说明书

本发明公开了一种基于ABO基因的血型分型方法，属于血液分型领域。所述方法包括构建ABO分型数据库、高通量测序、比对、变异分析注释以及分析注释信息和比对结果，得出样本的变异位点的候选单倍型分型结果的步骤。本发明的方法操作过程简单，即时分析，无需海量搜寻ABO血型分型数据库，无需单一维度逐层单层逐步单步操作分析，即可即时分析高通量测序的原始数据，提升效率。

技术领域

本发明属于血液分型领域，具体地，涉及一种基于ABO基因的血型分型方法。

背景技术

随着二代测序技术的高速发展，与费时费力的传统ABO血型检测及分析方法相比，现有高通量二代测序技术进行多基因多位点的数据库比对，快速分析ABO血型分型，实现传统分析数据检索操作复杂，速度慢，效率低，实现多方面展现基因位点展示。从数据过滤、比对、捕获分析、变异分析以及变异结果注释的全流程功能，对基因分型的测序数据进行质检和变异分析。

然而，目前进行ABO血型分析时，缺少可用于即时分析的ABO血型数据库。每一例样本在ABO血型分析、选型时检索操作复杂，速度慢，效率低。此外，分型人员无法同步可视化染色体与样本编号、位点坐标、测序深度、参考基因序列；缺少关于ABO血型分析的捕获、变异、变异结果注释分析的流程，无法实现数据结果的备份和恢复，容易造成数据的丢失。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明旨在提供基于高通量二代测序数据的基因位点的ABO血型的快速分型方法，可以提高分型速度和效率。本发明采用的技术方案如下：

一种基于ABO基因的血型分型方法，其特征在于，包括以下步骤：

构建ABO分型数据库：获得ABO基因各个分型的分型位点，获得所述分型位点在基因组上的坐标，并建立数据库；

测序：对样本的核酸样本进行高通量测序，获得测序数据；

比对：将测序数据与人类参考基因组进行比对，获得ABO基因上的突变位点；

变异分析注释：利用变异分析软件，分析样本中存在的变异类型，并为变异位点增加注释信息；

分型：分析注释信息和比对结果，得出样本的变异位点的候选单倍型分型结果，在该步骤中，部分位点由于扩增子间在基因组上位置差距太远，不能得出明确的单倍型分型结果，该方法会输出候选的所有可能单倍型结果。通过与ABO分型数据库进行对比，得到最终的单倍型分型结果。

进一步地，在所述构建ABO分型数据库的步骤中，通过收集包括但不限于dbRBC和ISBT的数据库以及文献报告获得ABO基因各个分型的分型位点。

在本发明的一些实施方案中，在获得测序数据后，进一步包括对测序数据进行质检的步骤：

原始数据质检：检测原始测序数据质量；

数据过滤：过滤低质量测序数据，处理接头序列数据

进一步地，在本发明中，所述人类参考基因组是指hg19参考基因组。

进一步地，利用BWA软件进行比对。

进一步地，利用SnpEff v4.2软件进行变异分析。更进一步地，所述变异类型包括但不限于indel、snv。

进一步地，利用Annovar软件进行注释。

在本发明中，因二代测序读长短，上述步骤直接准确的得出唯一的单倍型分型结果，因此进一步可包括分析获得的单倍型分型结果的人群频率，得到可能性最高的分型结果的步骤。

本发明的有益效果