[发明专利]一种与罗非鱼耐盐性相关的SNP标记及其应用

说明书

本发明属于水产生物技术领域，公开了一种与罗非鱼耐盐性状相关的SNP标记及其应用。所述SNP标记的序列如SEQIDNO：1或SEQIDNO：4所示，所述SEQIDNO：1序列2942bp处或SEQIDNO：4序列99bp处的SNP位点碱基为G或T。本发明创造性地提供了一种与罗非鱼耐盐性状相关的SNP标记，在此基础上，利用该SNP标记可以进行罗非鱼耐盐个体的筛选或检测，不受生长阶段的限制，可大幅提高罗非鱼选育的进程以及快速选出具有耐盐优良性状的罗非鱼种质，及在此基础上开发了相应检测的引物对和试剂盒，可快速判断待测罗非鱼的基因型，具有很大的科学价值和商业价值。

技术领域

本发明属于水产生物技术领域，具体涉及一种与罗非鱼耐盐性相关的SNP标记及其应用。

背景技术

罗非鱼(Tilapia)，原产于非洲，俗称非洲鲫鱼，属于鲈形目(Perciformes)丽鱼科(Cichlidae)的一种广盐性热带鱼类。罗非鱼作为重要的经济性鱼类，具有肉质鲜嫩、营养价值高、生长快等特点，深受广大消费者和养殖户的青睐，已被联合国粮农组织(FAO)列为六大主食品之一，已在100多个国家和地区进行养殖。我国是世界上最大的罗非鱼生产国和消费国，2019年产量达到164.17万吨，约占全世界罗非鱼产量的60％，主要有莫桑比克罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及杂交种等养殖品种，不同的养殖品种耐盐性能相差较大。

全球水资源的匮乏及气候变暖使得可利用的淡水资源锐减，淡水养殖业面临着严重的水资源短缺。随着我国对淡水环境的保护加强，淡水养殖可利用水域面积短缺，罗非鱼的淡水养殖业将受到很大程度的制约。而我国盐碱水资源十分丰富，约占全国湖泊总面积的55％，但是盐碱水具有高碳酸盐碱度(HCO₃^-和CO₃^2-)、高pH、离子组成复杂等理化特点，不利于常规鱼类品种的生长，盐碱水域的开发利用存在较大的局限性，绝大部分地区盐碱水资源的利用率依然很低，开发和利用盐碱水资源十分迫切及必要。目前，耐盐种质资源的利用是解决这一问题的重要手段。而罗非鱼为广盐性鱼类，经过驯化和选育，可以在咸水或海水中生长繁殖。因此，开展罗非鱼耐盐分子标记开发研究，培育一种适合在咸水或海水中养殖的耐盐罗非鱼品种对于这些水域的开发利用和渔业持续发展具有重要意义。

利用传统育种手段进行耐盐罗非鱼选育存在选择率低、周期长等问题。分子标记辅助育种是解决这一问题的有效手段。单核苷酸多态性(Single NucleotidePolymorphisms,SNP)是最常用的分子标记方法之一，是指由于单个碱基的变化所引起DNA序列的改变，具有数量多、分布广泛、遗传稳定性高、定位精度高、分型操作简单、检测方法简单、规模化实验及检测自动化方面要求低等特点。由于其全基因组覆盖率和基因分型效率高等优点，被广泛应用于关联分析和分子辅助育种中。分子标记辅助育种技术是通过与目标性状紧密连锁的分子标记对目标性状进行间接选择的现代育种技术，具有选择强度大、不受环境影响和结果可靠等特点，可实现早期选种和提高育种的准确性，以取得更大的遗传进展和更快的育种进程。

发明内容

针对以上现有技术存在的缺点和不足之处，本发明的首要目的在于提供一种与罗非鱼耐盐性相关的SNP标记。

本发明的另一目的在于提供一种检测上述与罗非鱼耐盐性相关的SNP标记的引物对或试剂盒。

本发明的再一目的在于提供上述试剂盒在耐盐罗非鱼亲本筛选或检测中的应用。

本发明目的通过以下技术方案实现：

一种与罗非鱼耐盐性相关的SNP标记，所述SNP标记的序列如SEQ ID NO：1或SEQID NO：4所示，所述SEQ ID NO：1序列2942bp处或SEQ ID NO：4序列99bp处的SNP位点碱基为G(鸟嘌呤)或T(胸腺嘧啶)。

该SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列第2942位碱基或标记为SEQ ID NO：4所示核苷酸序列第99位碱基以Y表示，Y代表G或T。