[发明专利]一种利用RNA-seq技术构建EST-SSR标记的方法与应用

权利要求书

1.一种利用RNA-seq技术构建紫茎泽兰EST-SSR标记的方法，其特征在于，包括如下步骤：

（1）利用RNA-seq技术，构建RNA-seq序列文库；

（2）将RNA-seq序列文库中获得的片段进行组装，得到转录本；

（3）利用Misa软件对原生地样本转录本进行SSR预测和鉴定，得到SSR位点；

（4）对步骤（3）得到的SSR位点设计引物，得到SSR引物对；

（5）利用blast软件将步骤（4）得到的SSR引物对分别与入侵地样本转录本和原生地样本转录本进行序列相似比对，得到电子模拟PCR扩增片段，筛选片段大小不一致的标记，为EST-SSR标记；扩增所述EST-SSR标记的引物序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.40所示；

步骤（2）所述的转录本包括原生地样本转录本和入侵地样本转录本；

所述原生地样本转录本为墨西哥城的M-2紫茎泽兰；

所述入侵地样本转录本为云南腾冲YN-3的紫茎泽兰。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤（2）所述的组装利用Trinity软件进行。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，步骤（2）所述的组装时的参数设置为：rinity.pl-seqType fq-JM 50G\-left sample1_1.clean.fastq\-right sample1_2.clean.fastq\ -jaccard_clip-CPU 6-SS_lib_type FR。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤（3）所述的原生地样本转录本为片段大小大于100bp的转录本。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤（3）所述的得到SSR位点时的参数设置为：1个碱基的重复元件重复次数等于或者大于10次，2个碱基的重复元件重复次数6次及以上，3~6个碱基的重复元件重复次数在5次及以上；两个SSR位点间的距离不少于100bp。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤（4）设计引物的软件为Primer3.0。

7.根据权利要求1~6任意一项所述的方法，其特征在于，步骤（5）所述的序列相似比对时的参数设置为：1e-5。

8.权利要求1~7任意一项所述的方法在构建紫茎泽兰EST-SSR标记中的应用。

9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述的紫茎泽兰EST-SSR标记应用于紫茎泽兰多态性分析中。