[发明专利]一种用于检测HCV 1型耐药突变基因的检测方法及应用

权利要求书

1.一种HCV 1型耐药突变基因的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)获取待测HCV RNA样品；

(2)以待测样本的RNA为模板，采用扩增引物组进行两次RT-PCR扩增；

(3)回收步骤(1)的产物，测序后进行耐药性分析。

2.根据权利要求1所述检测方法，其特征在于，所述耐药性分析为测序结果与HCV1型参考株的序列进行比对，确认耐药相关突变位点是否发生变异。

3.根据权利要求2所述检测方法，其特征在于，所述耐药相关突变位点为第36位的缬氨酸、第41位的谷氨酰胺、第43位的苯丙氨酸、第54位的苏氨酸、第55位的缬氨酸、第56位的酪氨酸、第80位的谷氨酰胺、第122位的丝氨酸、第155位的精氨酸、第156位的丙氨酸、第158位的缬氨酸、第168位的天冬氨酸、第170位的异亮氨酸/缬氨酸和第175位的亮氨酸/甲硫氨酸中的至少一种。

4.根据权利要求2所述检测方法，其特征在于，所述HCV1型参考株为NC_004102和/或AJ238799.1。

5.根据权利要求1所述检测方法，其特征在于，所述扩增引物组包括至少一对外引物和至少一对内引物；所述外引物对的序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.2所示，所述内引物对序列如SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.4所示。

6.根据权利要求1所述检测方法，其特征在于，所述扩增引物组包括至少一对外引物和至少一对内引物；所述外引物对的序列如SEQ ID NO.5-SEQ ID NO.6所示，所述内引物对序列如SEQ ID NO.7-SEQ ID NO.8所示。

7.根据权利要求1所述检测方法，其特征在于，所述扩增引物组包括至少一对外引物和至少一对内引物；所述外引物对的序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.5-SEQID NO.6所示，所述内引物对序列如SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.7-SEQ IDNO.8所示。

8.一种用于检测HCV 1a亚型NS3耐药突变基因的扩增引物组，其特征在于，所述扩增引物组包括一对外引物和一对内引物；所述外引物对的序列为SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.2所示的反向互补序列，所述内引物对的序列为SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.4所示的反向互补序列；或所述外引物对的序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.2所示，所述内引物对的序列如SEQID NO.3-SEQ ID NO.4所示的反向互补序列。

9.一种用于检测HCV 1a亚型NS3耐药突变基因的扩增引物组，其特征在于，所述扩增引物组包括一对外引物和一对内引物；所述外引物对的序列为SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.2所示的反向互补序列，所述内引物对的序列为SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.4所示的反向互补序列；或所述外引物对的序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.2所示，所述内引物对的序列如SEQID NO.3-SEQ ID NO.4所示的反向互补序列。

10.一种用于检测HCV 1b亚型NS3耐药突变基因的扩增引物组，其特征在于，所述扩增引物组包括一对外引物和一对内引物；所述外引物对的序列如SEQ ID NO.5-SEQ ID NO.6所示，所述内引物对序列如SEQ ID NO.7-SEQ ID NO.8所示；或所述外引物对的序列为SEQID NO.5-SEQ ID NO.6所示的反向互补序列，所述内引物对序列如SEQ ID NO.7-SEQ IDNO.8所示。