[发明专利]用于检测HCV 2a亚型耐药突变基因的扩增引物、检测方法及应用

权利要求书

1.一种用于检测HCV 2a亚型NS3耐药突变基因的扩增引物组，其特征在于，所述扩增引物组包括一对外引物和一对内引物；所述外引物对的序列如SEQ ID NO.1-SEQID NO.2所示，所述内引物对序列如SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.4所示；或所述外引物对的序列为SEQ IDNO.1-SEQID NO.2所示的反向互补序列，所述内引物对序列如SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.4所示。

2.一种用于检测HCV 2a亚型NS3耐药突变基因的扩增引物组，其特征在于，所述扩增引物组包括一对外引物和一对内引物；所述外引物对的序列为SEQ ID NO.1-SEQID NO.2所示的反向互补序列，所述内引物对的序列为SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.4所示的反向互补序列；或所述外引物对的序列如SEQ ID NO.1-SEQID NO.2所示，所述内引物对的序列如SEQ IDNO.3-SEQ ID NO.4所示的反向互补序列。

3.一种HCV 2a亚型NS3耐药突变基因的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)以待测样本的总RNA为模板，采用权利要求1-2任一项所述外引物对进行RT-PCR扩增；(2)回收步骤(1)的产物测序后进行耐药性分析。

4.根据权利要求3所述检测方法，其特征在于，还包括如下步骤：对所述步骤(1)的产物采用权利要求1-2任一项所述内引物对进行RT-PCR扩增，再对该PCR扩增的产物测序后进行耐药性分析。

5.根据权利要求3所述检测方法，其特征在于，所述外引物对进行逆转录扩增的条件为：先50℃、30分钟；再94℃、3分钟；再依次94℃、30秒，55℃、30秒，72℃、30秒进行40个循环；最后在72℃延伸7分钟；

所述内引物对进行PCR扩增的条件为：先95℃、30秒；再依次95℃、15秒，56℃、15秒，72℃、30秒进行35个循环；最后在72℃延伸5分钟。

6.根据权利要求3-5中任一项所述检测方法，其特征在于，所述测序是Sanger测序，测序使用的引物对与扩增得到的测序对象所使用的扩增引物对相同。

7.根据权利要求3-5中任一项所述检测方法，其特征在于，所述耐药性分析为测序结果与HCV 2a亚型参考株AB047639.1的序列进行比对，确认耐药相关突变位点是否发生变异。

8.根据权利要求7所述检测方法，其特征在于，所述耐药相关突变位点包括第36位的缬氨酸、第41位的谷氨酰胺、第43位的苯丙氨酸、第54位的苏氨酸、第55位的缬氨酸、第56位的酪氨酸、第80位的甘氨酸、第122位的赖氨酸、第155位的精氨酸、第156位的丙氨酸、第158位的缬氨酸、第168位的天冬氨酸、第170位的异亮氨酸和第175位的亮氨酸中的至少一种。

9.权利要求1-2中任一项所述扩增引物在制备用于检测HCV 2a亚型NS3耐药突变基因的试剂中的应用。

10.一种用于检测HCV 2a亚型NS3耐药突变基因的试剂盒，其特征在于，包括如权利要求1-2任一项所述的扩增引物组。