[发明专利]一种山羊CMTM2基因CNV标记的检测方法与应用

权利要求书

1.一种检测山羊CMTM2基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：

以山羊基因组DNA为模板，以引物对P1和引物对P2为引物，通过实时荧光定量PCR分别扩增CMTM2基因的拷贝数变异区域和作为内参的MC1R基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定山羊CMTM2基因的拷贝数变异类型；

所述引物对P1为：

上游引物F1：5′-TCTGAAAGAGTTGGGAATACAAGA-3′

下游引物R1：5′-CATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGA-3′；

所述引物对P2为：

上游引物F2：5′-GGCCTGAGAGGGGAATCACA-3′

下游引物R2：5′-AGTGGGTCTCTGGATGGAGG-3′；

所述CMTM2基因的拷贝数变异区域位于山羊CMTM2基因候选区域Chr18:35601201bp-35603200bp，参考序列为GenBank Oar_v4.0；

所述拷贝数变异类型是根据2×2^-ΔΔCt将定量结果分为的三类：插入型，2×2^-ΔΔCt≥3；缺失型，2×2^-ΔΔCt2；正常型，2×2^-ΔΔCt＝2；

所述山羊为陕北白绒山羊。

2.权利要求1所述一种检测山羊CMTM2基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述实时荧光定量PCR的扩增体系包括50ng/μL模板DNA 1μL以及10pmol/L的引物对P1或引物对P2所对应的上、下游引物各0.5μL。

3.权利要求1所述一种检测山羊CMTM2基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述实时荧光定量PCR的反应程序为：95℃预变性10min；95℃变性15s，60℃退火15s，35个循环。

4.如权利要求1-3中任意一项权利要求所述的方法在山羊分子标记辅助选择育种中的应用，其特征在于：所述CMTM2基因的拷贝数变异区域存在与山羊生长性状显著相关的DNA标记；在陕北白绒山羊中，具有缺失型拷贝数变异类型的个体的生长性状体高、十字部高显著优于拷贝数变异类型为正常型的个体，而具有插入型拷贝数变异类型的个体的生长性状胸宽显著优于拷贝数变异类型为缺失型的个体。

5.山羊CMTM2基因候选区域Chr18:35601201bp-35603200bp的拷贝数变异在山羊分子标记辅助选择育种中的应用，其特征在于：所述CMTM2基因的拷贝数变异区域存在与陕北白绒山羊生长性状显著相关的DNA标记；在陕北白绒山羊中，具有缺失型拷贝数变异类型的个体的生长性状体高、十字部高显著优于拷贝数变异类型为正常型的个体，而具有插入型拷贝数变异类型的个体的生长性状胸宽显著优于拷贝数变异类型为缺失型的个体；所述CMTM2基因候选区域Chr18:35601201bp-35603200bp的参考序列为GenBank Oar_v4.0。

6.一种检测山羊CMTM2基因拷贝数变异的试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括用于通过实时荧光定量PCR分别扩增山羊CMTM2基因的拷贝数变异区域和作为内参的MC1R基因的部分片段的引物对P1和引物对P2，根据定量结果鉴定山羊CMTM2基因的拷贝数变异类型；

所述引物对P1为：

上游引物F1：5′-TCTGAAAGAGTTGGGAATACAAGA-3′

下游引物R1：5′-CATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGA-3′；

所述引物对P2为：

上游引物F2：5′-GGCCTGAGAGGGGAATCACA-3′

下游引物R2：5′-AGTGGGTCTCTGGATGGAGG-3；

所述CMTM2基因的拷贝数变异区域位于山羊CMTM2基因候选区域Chr18:35601201bp-35603200bp，参考序列为GenBank Oar_v4.0；

所述拷贝数变异类型是根据2×2^-ΔΔCt将定量结果分为的三类：插入型，2×2^-ΔΔCt≥3；缺失型，2×2^-ΔΔCt2；正常型，2×2^-ΔΔCt＝2；

所述山羊为陕北白绒山羊。