[发明专利]一种山羊CMTM2基因CNV标记的检测方法与应用

说明书

本发明公开了一种山羊CMTM2基因CNV标记的检测方法与应用：以山羊基因组DNA为模板，以引物对P1和P2为引物，通过实时荧光定量PCR分别扩增山羊CMTM2基因CNV区域和内参基因MC1R的部分片段，根据2×2^‑ΔΔCt将定量结果分为插入型、缺失型和正常型，从而鉴定山羊CMTM2基因候选区域Chr18:35601201bp‑35603200bp的CNV类型。根据CMTM2基因的CNV类型与山羊生长性状的关联分析结果，本发明可在DNA水平上检测与山羊生长性状密切相关的CNV标记，从而通过山羊生长性状的标记辅助选择，快速建立遗传资源优良的山羊种群。

技术领域

本发明涉及家畜分子生物学检测领域，具体涉及一种检测山羊CMTM2基因CNV标记的方法及其应用。

背景技术

拷贝数变异(copy number variations，CNVs)是指基因组DNA中较大片段的缺失或重复现象。CNVs是基因组上一种亚显微水平的结构变异，涉及的片段大小在50bp到多个Mb之间，包括拷贝数增加(copy number gain)和拷贝数减少(copy number loss)。有些拷贝数变异属于多态性范畴，并不对动植物的表型造成影响，而有些拷贝数变异则可以通过改变基因序列和基因含量来影响基因表达，从而造成表型差异和表型适应。

目前应用于拷贝数变异检测的技术主要有：(1)比较基因组杂交(CGH)：CGH可在全部染色体或染色体亚带水平上，对不同基因组之间DNA序列的拷贝数进行检测。但是该技术的分辨率在Mb水平，如果拷贝数片段太小则不易检出。同时该技术存在着操作繁琐、通量低、耗时长和成本昂贵等缺点。(2)多重连接探针扩增(MLPA)：MLPA是2002年发展起来的一种拷贝数检测方法。该技术具有较准确的相对定量功能，但是探针制备较为复杂，同时操作步骤繁琐、耗时长。(3)高分辨溶解曲线分析(HRM)：HRM是基于单核苷酸熔解温度不同而形成不同形态熔解曲线的基因分析技术，具有极高的敏感性，可以检测出单个碱基的差异。该技术具有快速、廉价、高通量等优点，但同时存在着设计难度大以及单个核苷酸的差异小易造成检测灵敏度较低等缺陷。(4)实时荧光定量PCR(qPCR)：在PCR反应体系中加入过量的SYBR Green染料分子，能特异性地渗入DNA双链并发射荧光信号，而游离的染料分子则仅有很低的荧光本底几乎不发光，可通过检测荧光信号的强度来反映基因组DNA的数量。qPCR的优点是实验成本低、无需设计合成探针、使用方便，可以检测目的片段的绝对拷贝数，但不适用于大样本的高通量检测。(5)高通量测序技术：通过重测序来检测基因组结构变异，但成本较高。

分子标记辅助选择(molecular mark-assist selection，MAS)借助DNA标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良。在畜禽育种中，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密关联的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

CMTM2基因(CKLF like Marvel transmembrane domain containing 2)是趋化素样因子超家族中的一员，其蛋白的结构与功能是介于趋化因子与TM4SF家族成员之间，存在着跨膜与分泌两种形式，具有极强的疏水性。此外，还含有可以与雄激素受体(AndrogenReceptor，AR)相结合的模体结构，如LXXLL、FXXLY和FXXFF等。CMTM2基因广泛表达于睾丸、骨骼、外周血细胞、卵巢等正常组织或细胞中，相比于家族的其他成员，在睾丸中的表达量较高。通过体外实验可知，其能够通过影响雄激素受体的转录影响雄性动物生殖发育的过程。

已有研究报道山羊CMTM2基因存在潜在遗传位点可以显著影响生长性状，但尚未见有关CMTM2基因CNV对山羊生长性状影响的文献报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种山羊CMTM2基因CNV标记的检测方法与应用。

为了实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：