[发明专利]肝移植后巨细胞病毒的检测方法、应用及系统在审
申请号: | 202110376806.0 | 申请日: | 2021-04-08 |
公开(公告)号: | CN113061666A | 公开(公告)日: | 2021-07-02 |
发明(设计)人: | 司中洲;李杰群;滕祥云 | 申请(专利权)人: | 中南大学湘雅二医院 |
主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/6869;G16B30/10;G16B20/20;G16B35/10;C12R1/93 |
代理公司: | 安化县梅山专利事务所 43005 | 代理人: | 李琦 |
地址: | 410000 *** | 国省代码: | 湖南;43 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 移植 巨细 病毒 检测 方法 应用 系统 | ||
1.一种肝移植后巨细胞病毒的检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
获取进行肝移植后受体样本的游离DNA,并进行游离DNA测序文库构建和测序;
将所述游离DNA的测序数据与预设人类参考基因组进行比对,将所述游离DNA测序数据中与所述预设人类参考基因组未比对成功片段设置为的非人源片段;
将所述非人源片段与预设巨细胞病毒基因组进行比对,将所述非人源片段中与所述预设巨细胞病毒基因组比对成功的片段设置为巨细胞病毒片段;
计算所述巨细胞病毒片段与所述非人源片段的数量比例。
2.如权利要求1所述的肝移植后巨细胞病毒的检测方法,其特征在于,所述检测方法还包括:
获取进行肝移植前受体样本原始DNA,并进行受体基因组测序文库构建和测序,获取供体肝组织DNA并进行供体基因组测序文库构建和测序;
将所述游离DNA测序数据中与所述预设人类参考基因组比对成功的片段设置为人源片段;
根据所述人源片段、所述供体肝组织DNA的测序数据和所述受体样本原始DNA的测序数据,比对得到供体人源片段,计算所述供体人源片段与所述人源片段的比例。
3.如权利要求2所述的肝移植后巨细胞病毒的检测方法,其特征在于,所述根据所述人源片段、所述供体肝组织DNA的测序数据和所述受体样本原始DNA的测序数据,比对得到供体人源片段,计算所述供体人源片段与所述人源片段的比例的步骤,包括:
将所述受体样本原始DNA测序数据、所述供体肝组织DNA测序数据分别与所述预设人类参考基因组进行比对,检测得到受体DNA变异位点和供体肝组织DNA变异位点;
比对所述受体样本变异位点中的纯合子和所述供体肝组织变异位点中的纯合子,将不相同的纯合子对应的位点设置为第一分析位点;
将所述人源片段与所述供体肝组织DNA测序数据对应所述第一分析位点的部分进行比对,将比对成功的所述人源片段设置为所述供体人源片段;
计算所述供体人源片段与所述人源片段比例。
4.如权利要求3所述的肝移植后巨细胞病毒的检测方法,其特征在于,所述第一分析位点为质量值大于30、测序深度大于8X的变异位点。
5.如权利要求2所述的肝移植后巨细胞病毒的检测方法,其特征在于,所述根据所述人源片段、所述供体肝组织DNA的测序数据和所述受体样本原始DNA的测序数据,比对得到供体人源片段,计算所述供体人源片段与所述人源片段的比例的步骤,包括:
将所述受体样本原始DNA进行SNP芯片检测,获得受体SNP变异信息,将所述供体肝组织DNA进行SNP芯片检测,获得供体SNP变异信息;
比对所述受体SNP变异信息中的纯合子和所述供体SNP变异信息中的纯合子,将不相同的纯合子所对应的的位点设置为第二分析位点;
将所述人源片段与所述供体肝组织DNA测序数据对应所述第二分析位点的部分进行比对,生成所述供体人源片段;
计算所述供体人源片段与所述人源片段比例。
6.如权利要求1所述的肝移植后巨细胞病毒的检测方法,其特征在于,所述进行肝移植后,提取受体样本的游离DNA,并进行游离DNA测序文库构建和测序的步骤包括:
进行肝移植后,提取受体样本外周血的游离DNA,并进行游离DNA测序文库构建和测序。
7.一种如权利要求1至6中任一项所述的肝移植后巨细胞病毒的检测方法在制备巨细胞病毒的检测试剂盒中的应用。
8.一种如权利要求1至6中任一项所述的肝移植后巨细胞病毒的检测方法在评估肝细胞损伤上的应用。
9.一种系统,其特征在于,包括处理器、存储器、通信器以及存储在所述存储器上的可被所述处理器执行的肝移植后巨细胞病毒的检测方法程序,其中,所述肝移植后巨细胞病毒的检测方法程序被所述处理器执行时,实现如权利要求1至6中任一项所述的肝移植后巨细胞病毒的检测方法的步骤。
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