[发明专利]肝移植后巨细胞病毒的检测方法、应用及系统

说明书

本发明公开一种肝移植后巨细胞病毒的检测方法、应用及系统，该检测方法包括获取进行肝移植后受体样本的游离DNA，并进行游离DNA测序文库构建和测序；将所述游离DNA的测序数据与预设人类参考基因组进行比对，将所述游离DNA测序数据中与所述预设人类参考基因组未比对成功片段设置为的非人源片段；将所述非人源片段与预设巨细胞病毒基因组进行比对，将所述非人源片段中与所述预设巨细胞病毒基因组比对成功的片段设置为巨细胞病毒片段；计算所述巨细胞病毒片段与所述非人源片段的数量比例。本发明提供的检测方法灵敏度高。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，具体涉及一种肝移植后巨细胞病毒的检测方法、应用及系统。

背景技术

肝移植是治疗各种终末期肝病的唯一有效办法。肝移植后的感染问题目前已成为影响患者长期存活的主要原因，发生率高达53％-80％。巨细胞病毒(CMV)是肝移植后较为常见的条件性致病病毒，而巨细胞病毒感染往往是导致并发症发生率和病死率升高的主要原因之一。接受免疫抑制剂治疗的移植患者发生巨细胞病毒感染的风险增加，在没有使用预防性抗病毒治疗的情况下，肝移植后患者巨细胞病毒的感染率为25％-85％，而其中有18％-29％的患者会发展为巨细胞病毒病。因此，尽早提高巨细胞病毒的检测发现，并应用于患者的诊断、预防和治疗过程中，可显著提高患者存活时间，并直接或间接减小其他感染的发生率。

目前临床上检测巨细胞病毒感染主要通过CMV抗体检查、pp65抗原检查及CMV DNA检查，具体检测方法包括ELISA、qPCR技术等。但CMV抗体检查、pp65抗原检查不能同时评估肝损伤的严重程度；上述检查方式也不能排除人体其他器官(如肺、肾)感染巨细胞病毒的情况；由于上述检测方法灵敏度低，从而容易导致误判断。

因此有必要提供一种新型的肝移植后巨细胞病毒的检测方法，以解决上述技术问题。

发明内容

本发明的主要目的是提供一种肝移植后巨细胞病毒的检测方法、应用及系统，以解决现有巨细胞病毒的检测方法灵敏度低的技术问题。

为实现上述目的，本发明提出的肝移植后巨细胞病毒的检测方法，包括以下步骤：

获取进行肝移植后受体样本的游离DNA，并进行游离DNA测序文库构建和测序；

将所述游离DNA的测序数据与预设人类参考基因组进行比对，将所述游离DNA测序数据中与所述预设人类参考基因组未比对成功片段设置为的非人源片段；

将所述非人源片段与预设巨细胞病毒基因组进行比对，将所述非人源片段中与所述预设巨细胞病毒基因组比对成功的片段设置为巨细胞病毒片段；

计算所述巨细胞病毒片段与所述非人源片段的数量比例。

优选地，所述检测方法还包括:

获取进行肝移植前受体样本原始DNA，并进行受体基因组测序文库构建和测序，获取供体肝组织DNA并进行供体基因组测序文库构建和测序；

将所述游离DNA测序数据中与所述预设人类参考基因组比对成功的片段设置为人源片段；

根据所述人源片段、所述供体肝组织DNA的测序数据和所述受体样本原始DNA的测序数据，比对得到供体人源片段，计算所述供体人源片段与所述人源片段的比例。

优选地，所述根据所述人源片段、所述供体肝组织DNA的测序数据和所述受体样本原始DNA的测序数据，比对得到供体人源片段，计算所述供体人源片段与所述人源片段的比例的步骤，包括：

将所述受体样本原始DNA测序数据、所述供体肝组织DNA测序数据分别与所述预设人类参考基因组进行比对，检测得到受体DNA变异位点和供体肝组织DNA变异位点；

比对所述受体样本变异位点中的纯合子和所述供体肝组织变异位点中的纯合子，将不相同的纯合子对应的位点设置为第一分析位点；