[发明专利]病原检测背景微生物判断方法及应用

权利要求书

1.一种病原检测背景微生物判断方法，其特征在于，包括以下步骤：

确定核心背景微生物列表：取若干生物样本，测序，获得高频且稳定出现在样本中的微生物种类，并获得该微生物的特异性比对序列数，将相应样本的核酸提取浓度或文库浓度与该微生物的特异性比对序列数进行相关性检验，得到相关性呈负相关的微生物列表，去除此列表中既是背景又是病原的微生物以及常见微生态细菌，即得核心背景微生物列表；

确定核心背景微生物校正指数CBI：以上述核心背景微生物列表中所有微生物的特异性比对序列数之和为CBI；

背景序列判断：将待测样本中微生物的特异性比对序列数与所述CBI相除得到判断值，当所述判断值大于阈值，则判断为所述待测样本中真实存在该微生物，当所述判断值小于等于阈值，则判断为所述待测样本中的序列为背景序列。

2.根据权利要求1所述的病原检测背景微生物判断方法，其特征在于，所述确定核心背景微生物列表步骤中，所述相关性检验为pearson相关性检验和spearman相关性检验。

3.根据权利要求2所述的病原检测背景微生物判断方法，其特征在于，所述确定核心背景微生物列表步骤中，将若干生物样本按收集测序时间顺序分为至少2个数据集，每个数据集中均包括得到的全部样本类型，所述相关性呈负相关的微生物列表中的微生物在＞40％的数据集中均呈负相关。

4.根据权利要求3所述的病原检测背景微生物判断方法，其特征在于，所述确定核心背景微生物列表步骤中，所述高频且稳定出现指该微生物在所有生物样本中出现的频率≥25％，且出现在所有的数据集中。

5.根据权利要求1所述的病原检测背景微生物判断方法，其特征在于，所述确定核心背景微生物列表步骤中，所述既是背景又是病原的那些微生物以及常见微生态细菌包括：鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、大肠埃希菌、表皮葡萄球菌、皮肤痤疮杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌。

6.根据权利要求1所述的病原检测背景微生物判断方法，其特征在于，所述核心背景微生物列表包括以下微生物：

Acinetobacter_bereziniae(别氏不动杆菌)

Acinetobacter_guillouiae(桂林不动杆菌)

Acinetobacter_johnsonii(约氏不动杆菌)

Acinetobacter_junii(琼氏不动杆菌)

Acinetobacter_lwoffii(洛菲不动杆菌)

Acinetobacter_schindleri(申氏不动杆菌)

Acinetobacter_ursingii(乌尔辛不动杆菌)

Bosea_lupini

Brevundimonas_diminuta(缺陷短波单胞菌)

Brevundimonas_vesicularis(泡囊短波单胞菌)

Burkholderia_ambifaria(须芒草伯克霍尔德菌)

Burkholderia_cepacia(洋葱伯克霍尔德菌)

Burkholderia_diffusa(广泛伯克霍尔德菌)

Burkholderia_gladioli(唐菖蒲伯克霍尔德菌)

Burkholderia_oklahomensis(俄克拉荷马伯克霍尔德菌)

Burkholderia_pseudomallei(类鼻疽伯克霍尔德菌)

Burkholderia_pyrrocinia(吡咯素伯克霍尔德菌)

Burkholderia_thailandensis(泰国伯克霍尔德菌)

Burkholderia_ubonensis(乌汶伯克霍尔德菌)

Burkholderia_vietnamiensis(越南伯克霍尔德菌)

Cloacibacterium_normanense

Comamonas_terrigena

Corynebacterium_aurimucosum(粘金黄棒状杆菌)

Corynebacterium_callunae(美棒状杆菌)

Cutibacterium_granulosum

Delftia_acidovorans(食酸代尔夫特菌)

Delftia_tsuruhatensis(代尔夫特菌)

Ensifer_adhaerens(粘着剑菌)

Hafnia_alvei(蜂房哈夫尼菌)

Hafnia_paralvei(副蜂房哈夫尼菌)

Kocuria_palustris(沼泽库克菌)

Malassezia_globosa(球形马拉色菌)

Methylobacterium_aquaticum(水生甲基杆菌)

Methylobacterium_extorquens(扭脱甲基杆菌)

Methylobacterium_radiotolerans(耐辐射甲基杆菌)

Micrococcus_luteus(藤黄微球菌)

Moraxella_osloensis(奥斯陆莫拉菌)

Mycobacterium_mucogenicum(产粘液分枝杆菌)

Obesumbacterium_proteus(变形肥杆菌)

Ochrobactrum_anthropi(人苍白杆菌)

Paraburkholderia_fungorum

Paracoccus_sanguinis

Pseudomonas_chlororaphis(绿针假单胞菌)

Pseudomonas_entomophila(虫媒假单胞菌)

Pseudomonas_fluorescens(荧光假单胞菌)

Pseudomonas_fulva(黄褐假单胞菌)

Pseudomonas_monteilii(蒙氏假单胞菌)

Pseudomonas_oleovorans(噬油假单胞菌)

Pseudomonas_putida(恶臭假单胞菌)

Pseudomonas_stutzeri(斯氏假单胞菌)

Pseudomonas_veronii(维龙假单胞菌)

Ralstonia_pickettii(皮氏罗尔斯顿菌)

Ralstonia_solanacearum(青枯罗尔斯顿菌)

Rhodococcus_erythropolis(红城红球菌)

Rhodococcus_fascians(束红球菌)

Sphingobium_xenophagum(噬异物鞘脂菌)

Sphingobium_yanoikuyae(矢野口鞘脂菌)

Sphingomonas_echinoides(多刺形鞘氨醇单胞菌)

Sphingomonas_melonis(甜瓜鞘氨醇单胞菌)

Sphingomonas_parapaucimobilis(类少动鞘氨醇单胞菌)

Sphingomonas_paucimobilis(少动鞘氨醇单胞菌)

Sphingopyxis_alaskensis(阿拉斯加鞘氨醇盒菌)

Xanthomonas_campestris(野油菜黄单胞菌)。