[发明专利]一种新型高温Argonaute蛋白TpsAgo表征及应用有效
申请号: | 202110474666.0 | 申请日: | 2021-04-29 |
公开(公告)号: | CN113201578B | 公开(公告)日: | 2023-06-23 |
发明(设计)人: | 冯雁;孙莹璎;郭翔;叶星宇;李忠磊 | 申请(专利权)人: | 上海交通大学 |
主分类号: | C12Q1/6816 | 分类号: | C12Q1/6816;C12Q1/6806;C12N9/22;C12N15/55 |
代理公司: | 上海一平知识产权代理有限公司 31266 | 代理人: | 张璐;徐迅 |
地址: | 200240 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 新型 高温 argonaute 蛋白 tpsago 表征 应用 | ||
1.一种核酸切割体系,其特征在于,所述核酸切割体系包括:
(a)向导DNA;所述的向导DNA是5’端具有选自下组的修饰的单链DNA分子:5’-P、5’-OH、5’-Biotin、5’-NH2C6、5’-FAM,或5’-SHC6;
(b)可编程核酸内切酶Argonaute(Ago);所述的可编程核酸内切酶Argonaute来源于嗜热菌(Thermus parvatiensis),所述的可编程核酸内切酶Argonaute是可编程核酸内切酶TpsAgo;所述的可编程核酸内切酶Argonaute的氨基酸序列如NCBI序列号WP_060384876.1所示;和
(c)报告核酸,其中若所述报告核酸被剪切,所述的剪切是可以被检测出的;所述核酸切割体系的温度为65-85℃。
2.如权利要求1所述的核酸切割体系,其特征在于,所述的报告核酸是单链核酸,包括单链DNA或单链RNA。
3.如权利要求1所述的核酸切割体系,其特征在于,所述核酸切割体系的温度为70-85℃。
4.如权利要求1所述的核酸切割体系,其特征在于,所述核酸切割体系还包括缓冲液,所述缓冲液中,NaCl的浓度为0-4800mM。
5.如权利要求1所述的核酸切割体系,其特征在于,所述的核酸切割体系还包括:(d)二价金属离子。
6.如权利要求5所述的核酸切割体系,其特征在于,所述的二价金属离子为Mn2+或Co2++。
7.如权利要求1所述的核酸切割体系,其特征在于,所述的报告核酸是质粒DNA,并且所述的向导DNA包括正向gDNA和反向gDNA;
其中,所述的正向gDNA与所述质粒DNA的一条链可形成第一反向互补区,所述反向gDNA与所述质粒DNA的另一条链可形成第二反向互补区。
8.如权利要求7所述的核酸切割体系,其特征在于,所述的向导DNA的长度为10-24nt。
9.一种富集低丰度目标核酸的反应体系,其特征在于,所述反应体系用于对一核酸样本同时进行依赖解旋酶等温扩增技术和核酸切割反应,从而获得扩增-切割反应产物;
其中,所述的核酸样本含有第一核酸和第二核酸,其中,所述的第一核酸为所述目标核酸,而所述的第二核酸为非目标核酸;
所述的核酸切割反应用于特异性切割非目标核酸,但不切割所述目标核酸;
所述的扩增-切割反应体系含有(i)进行等温扩增反应所需的试剂和(ii)如权利要求1所述的核酸切割体系。
10.如权利要求9所述的反应体系,其特征在于,所述反应体系中,所述可编程核酸内切酶Argonaute的浓度为20-200nM。
11.如权利要求9所述的反应体系,其特征在于,所述反应体系中还包括:二价金属离子。
12.一种富集低丰度目标核酸的方法,其特征在于,包括步骤:
(a)提供一核酸样本,所述的核酸样本含有第一核酸和第二核酸,其中,所述的第一核酸为所述目标核酸,而所述的第二核酸为非目标核酸,
并且,所述目标核酸在所述的核酸样本中的丰度为F1a;
(b)对所述核酸样本中的核酸为模板,在扩增-切割反应体系中进行等温扩增和核酸切割反应,从而获得扩增-切割反应产物;
其中,所述的核酸切割反应用于特异性切割非目标核酸,但不切割所述目标核酸;
并且,所述的扩增-切割反应体系含有(i)进行等温扩增反应所需的试剂和(ii)如权利要求1所述的核酸切割体系;
其中,所述目标核酸在所述的扩增-切割反应产物中的丰度为F1b,
其中,F1b/F1a的比值≥5。
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