[发明专利]肺结核病变活动性标志物、试剂盒、方法及模型构建方法在审
申请号: | 202110486594.1 | 申请日: | 2021-04-30 |
公开(公告)号: | CN113178263A | 公开(公告)日: | 2021-07-27 |
发明(设计)人: | 宋言峥;张舒林;温子禄;黄家颖;马辉;王琳;吴立伟 | 申请(专利权)人: | 上海市公共卫生临床中心 |
主分类号: | G16H50/50 | 分类号: | G16H50/50;G16B20/00;G16B30/00 |
代理公司: | 上海凯玛顿知识产权代理事务所(普通合伙) 31359 | 代理人: | 胡薇 |
地址: | 201508 上*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 肺结核 病变 活动性 标志 试剂盒 方法 模型 构建 | ||
1.一种基于肺结核病变活动性标志物的肺结核病变活动性检测模型的构建方法,其特征在于,使用检测算法构建C1QB蛋白质、CCL19蛋白质或MIP3B蛋白质的肺结核病变活动性快速诊断模型;其检测算法包括以下步骤:
(1)血浆样本的收集与处理,从全血中分离血浆样本,数据采集模块用于样本数据采集,获取样本数据集;
(2)测定血浆样本,数据处理模块从样本中测定血浆蛋白生物标志物的指标,所述血浆蛋白生物标志物具体包括C1QB蛋白质、CCL19蛋白质或MIP3B蛋白质;
(3)数据模型构建模块使用神经网络的方法拟合训练集进行模型的构建,以70%的样本量作为训练集,30%的样本量作为测试集,对血浆蛋白标志物的表达进行整合分析,记录最优模型参数;同时阈值计算模块根据ROC曲线使用验证集计算模型分类的阈值,构建得到肺结核病变活动性检测模型,
(4)其中所述受试者的血浆样品中C1QB蛋白质的表达水平相对于正常人受试者的水平的升高,CCL19或MIP3B蛋白质的表达水平相对于正常人受试者的水平的降低指示所述受试者中存在肺结核病变活动性;
(5)或所述C1QB蛋白质和CCL19或MIP3B蛋白质的表达水平相对于肺结核好转或治愈受试者的水平的升高,指示所述受试者中存在活动性肺结核。
2.一种肺结核病变活动性标志物,其特征在于,为血液样本中的血浆蛋白生物标志物,所述血浆蛋白生物标志物为包括C1QB蛋白质、CCL19蛋白质或MIP3B蛋白质的一种或多种的联合标志物。
3.根据权利要求2所述的一种肺结核病变活动性标志物,其特征在于,所述联合标志物中CCL19蛋白质或MIP3B蛋白质的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示,核苷酸序列如SEQ IDNO:1所示。
4.根据权利要求2所述的一种肺结核病变活动性标志物,其特征在于,所述联合标志物中C1QB蛋白质的氨基酸序列如SEQ ID NO:4所示,核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。
5.一种基于肺结核病变活动性标志物的肺结核病变活动性检测试剂盒,其特征在于,包括全血样品中血浆提取分离相关试剂、血浆样本的蛋白质组学定量分析相关试剂、血浆样本中C1QB蛋白质、CCL19蛋白质或MIP3B蛋白质的蛋白表达水平测定相关试剂;还包括标准品,所述标准品为C1QB蛋白质、CCL19蛋白质或MIP3B蛋白质的一种或多种。
6.一种基于肺结核病变活动性标志物的肺结核病变活动性检测试剂盒的检测方法,其特征在于,试剂盒中的检测试剂用于测定得自受试者的血浆样品中的标志物蛋白表达水平,包括以下步骤:
a.测定得自所述受试者血浆中C1QB蛋白质、CCL19蛋白质或MIP3B蛋白质表达水平;
b.将受试者血浆中标志物蛋白表达水平与正常受试者中血浆中标志物蛋白表达水平进行对比;
c.基于步骤b做出的对比结果,其中所述受试者的血浆样品中C1QB蛋白质的表达水平相对于正常人受试者的水平的升高,CCL19或MIP3B蛋白质的表达水平相对于正常人受试者的水平的降低指示所述受试者中存在活动性肺结核;所述C1QB蛋白质和CCL19或MIP3B蛋白质的表达水平相对于肺结核好转或治愈受试者的水平的升高,指示所述受试者中存在活动性肺结核。
7.根据权利要求6所述的一种基于肺结核病变活动性标志物的肺结核病变活动性检测试剂盒的检测方法,其特征在于,测定生物样品中的血浆蛋白生物标志物的水平的方法包括:蛋白定量方法、蛋白浓度测定方法和模型构建算法。
8.根据权利要求7所述的一种基于肺结核病变活动性标志物的肺结核病变活动性检测试剂盒的检测方法,其特征在于,包括不限于串联质谱-液相色谱/质谱(TMT-LC/MS)、液相色谱-平行反应监测/质谱(LC-PRM/MS)等)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫印迹法(WB)、蛋白芯片等和逻辑回归算法、决策树、神经网络算法等、聚合酶链式反应(PCR)、实时聚合酶链式反应(RT-PCR)。
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