[发明专利]一种黄牛WBP1L基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其应用

权利要求书

1.一种检测牛WBP1L基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：

以牛基因组DNA为模板，以引物对P1及引物对P2为引物，分别通过实时荧光定量PCR扩增WBP1L基因的拷贝数变异区域及作为内参的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定WBP1L基因的拷贝数变异类型；

所述引物对P1为：

上游引物F1：5′-CCAGAGCTGGACTTCGTGGG-3′

下游引物R1：5′-TCGTGACATATCTCAGACGCAG-3′；

所述引物对P2为：

上游引物F2：5′-AACCAGGAGAAACTCGCCAA-3′

下游引物R2：5′-TTCGGTGAAATGCCCTCTCG-3′；

所述WBP1L基因的拷贝数变异区域位于牛WBP1L基因候选区域Chr26:23641732-23643331，参考序列为AC_000183.1；

所述拷贝数变异类型是根据-ΔΔCt将定量结果分为的三类：重复型，-ΔΔCt＞0.5，并按拷贝数CN细分为CN＝3或CN≥4的拷贝数不同的重复型；缺失型，-ΔΔCt＜-0.5，并按拷贝数CN细分为CN＝0或CN＝1的拷贝数不同的缺失型；正常型，-0.5≤-ΔΔCt≤0.5，按拷贝数CN对应为CN＝2。

2.根据权利要求1所述一种检测牛WBP1L基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述实时荧光定量PCR的扩增反应体系包括10～50ng/μL模板DNA 1μL以及10μmol/L的引物对P1或引物对P2所对应的上、下游引物各0.5μL。

3.根据权利要求1所述一种检测牛WBP1L基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述实时荧光定量PCR的反应程序包括以下步骤：95℃预变性10min；95℃变性15s，60℃退火1min，共39个循环。

4.根据权利要求1所述一种检测牛WBP1L基因拷贝数变异的方法，其特征在于：基于引物对P1扩增的PCR产物片段大小为145bp，基于引物对P2扩增的PCR产物片段大小为166bp。

5.如权利要求1-4中任意一项权利要求所述的方法在黄牛分子标记辅助选择育种中的应用，其特征在于：在皮南牛中，拷贝数变异类型为缺失型、且CN＝0的个体在生长性状胸围、体重、尻长上较优；在郏县红牛中，拷贝数变异类型为重复型、且CN＝3的个体在生长性状体高、体长、尻长、胸深、体重上较优；在固原牛中，拷贝数变异类型为缺失型、且CN＝1的个体在生长性状体高上较优；在吉安牛中，拷贝数变异类型为正常型的个体在生长性状体高上较优。

6.一种检测牛WBP1L基因拷贝数变异的试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括用于分别通过实时荧光定量PCR扩增牛WBP1L基因拷贝数变异区域及作为内参的BTF3基因的部分片段的引物对P1及引物对P2，根据定量结果鉴定WBP1L基因的拷贝数变异类型；

所述引物对P1为：

上游引物F1：5′-CCAGAGCTGGACTTCGTGGG-3′

下游引物R1：5′-TCGTGACATATCTCAGACGCAG-3′；

所述引物对P2为：

上游引物F2：5′-AACCAGGAGAAACTCGCCAA-3′

下游引物R2：5′-TTCGGTGAAATGCCCTCTCG-3′；

所述WBP1L基因的拷贝数变异区域位于牛WBP1L基因候选区域Chr26：23641732-23643331，参考序列为AC_000183.1；

所述拷贝数变异类型是根据-ΔΔCt将定量结果分为的三类：重复型，-ΔΔCt＞0.5，并按拷贝数CN细分为CN＝3或CN≥4的拷贝数不同的重复型；缺失型，-ΔΔCt＜-0.5，并按拷贝数CN细分为CN＝0或CN＝i的拷贝数不同的缺失型；正常型，-0.5≤-ΔΔCt≤0.5，按拷贝数CN对应为CN＝2。