[发明专利]一种黄牛WBP1L基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种黄牛WBP1L基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其应用：基于实时荧光定量PCR技术，以黄牛个体基因组DNA为模板，以一对特异性引物扩增WBP1L基因拷贝数变异区域的部分片段，以另外一对特异性引物扩增BTF3基因的部分片段作为内参，最后利用‑ΔΔCt判定个体的拷贝数变异类型。本发明提供的方法基于WBP1L基因拷贝数变异与生长性状之间的关联，可用于快速建立遗传资源优势种群，有利于加快黄牛分子标记辅助选择育种工作，该方法简单、快速，便于推广应用。

技术领域

本发明属于分子遗传育种领域，具体涉及一种检测牛WBP1L基因拷贝数变异的方法，该方法利用基因组DNA进行实时荧光定量PCR，以BTF3基因为参照、根据-ΔΔCt确定个体的拷贝数变异类型。

背景技术

基因组DNA携带生物体的所有遗传信息，研究证明，遗传信息的改变是相关重要经济性状变异的主要来源，随着高通量测序技术的日渐成熟，筛选及鉴定经济性状相关基因，以及发掘和精准定位重要表型相关位点成为推动分子育种发展的一项重要任务。

目前分子育种主要的研究方向集中在标记辅助选择(molecular mark-assistselection,MAS)技术上，该技术是通过DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，从而实现对畜禽品种的经济性状进行改良。在畜禽育种中，通过对与生长性状密切相关，并且与数量性状紧密关联的DNA分子标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

拷贝数变异(Copy Number Variations，CNVs)为基因结构变异，是指1kb到数MbDNA片段的拷贝数重复、缺失等类型的突变。CNVs是由基因重排导致的，是基因组变异的重要组成部分，可导致由基因剂量效应、基因断裂、基因融合和位置效应等引起的表型多态性。研究表明，拷贝数变异可能影响基因网络并调节相关基因的表达，促成个体表型，因此，检测与黄牛生长性状相关基因的CNV标记有助于加速黄牛遗传选育的进程。

在检测已知CNV的各种方法中，实时荧光定量PCR(quantitive Real-Time PCR,qPCR)是使用比较广泛的一种技术。该方法操作简单、敏感性高、速度快，通过对目的基因(有拷贝数变异)和内参基因(无拷贝数变异)进行相对定量，然后利用-ΔΔCt判定个体的拷贝数变异类型。

WBP1L(WW域结合蛋白1Like)是一种跨膜适配蛋白编码基因。近年来国内外对WBP1L基因的研究较少，对WBP1L基因的功能及作用机制的认识都还处在初步阶段。目前为止，尚未见到关于WBP1L基因拷贝数变异与黄牛生长性状关联的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种黄牛WBP1L基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其应用，从而加快黄牛良种选育进程。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测牛WBP1L基因拷贝数变异的方法，包括以下步骤：以牛个体基因组DNA为模板，以引物对P1及引物对P2为引物，分别通过实时荧光定量PCR扩增WBP1L基因的拷贝数变异区域及作为内参的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定个体WBP1L基因的拷贝数变异类型；

所述引物对P1为：

上游引物F1：5′-CCAGAGCTGGACTTCGTGGG-3′

下游引物R1：5′-TCGTGACATATCTCAGACGCAG-3′；

所述引物对P2为：

上游引物F2：5′-AACCAGGAGAAACTCGCCAA-3′

下游引物R2：5′-TTCGGTGAAATGCCCTCTCG-3′。