[发明专利]检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒有效
申请号: | 202110597293.6 | 申请日: | 2021-05-31 |
公开(公告)号: | CN113444793B | 公开(公告)日: | 2022-09-23 |
发明(设计)人: | 金星;郑元生;陈振淙;卞赟艺;毕国澍;单光耀;黄宜炜;赵梦男;詹成;王群 | 申请(专利权)人: | 复旦大学附属中山医院 |
主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;C12N15/11;G16B20/50 |
代理公司: | 上海科盛知识产权代理有限公司 31225 | 代理人: | 褚明伟;蒋亮珠 |
地址: | 200032 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 检测 腺癌 氧化 应激 通路 相关 基因突变 试剂盒 | ||
1.检测试剂在制备检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒中的应用,其特征在于,所述检测试剂由检测以下基因表达量的试剂组成:RP11-539L10.2、AKR1C2、RP11-572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5-827L5.2、CTD-2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11-545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1-388B5.2、RP11-267L5.1、TRAV11、RP11-699A7.1、AL132671.1;所述抗氧化应激通路相关基因为KEAP1、NFE2L2、CUL3。
2.检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒含有检测以下基因表达量的检测试剂:RP11-539L10.2、AKR1C2、RP11-572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5-827L5.2、CTD-2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11-545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1-388B5.2、RP11-267L5.1、TRAV11、RP11-699A7.1、AL132671.1;所述抗氧化应激通路相关基因为KEAP1、NFE2L2、CUL3。
3.根据权利要求2所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒,其特征在于,所述检测试剂作为试剂盒实现评估肺腺癌抗氧化应激通路相关基因是否突变的唯一关键成分。
4.根据权利要求2所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒内还包括说明书,所述说明书记载如下公式:
Score=(-0.1058×RP11-539L10.2)+(-0.1257×AKR1C2)+(-48.6069×RP11-572H4.1)+(-0.357×TRIM16L)+(0.0587×RARA)+(0.0244×SESN2)+(-19.895×RP5-827L5.2)+(-0.3798×CTD-2139B15.5)+(-0.4665×Metazoa_SRP)+(-0.2482×snoU13)+(-0.1185×RP11-545H22.1)+(-0.32×KRT8P30)+(-0.1907×TALDO1)+(-0.3089×TRAPPC13P1)+(-1.0802×GS1-388B5.2)+(-0.4102×RP11-267L5.1)+(-1.3136×TRAV11)+(-0.5642×RP11-699A7.1)+(-0.3232×AL132671.1);
上述公式中,RP11-539L10.2表示该基因RP11-539L10.2的表达量,其他基因也分别表示各自基因的表达量。
5.根据权利要求4所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒,其特征在于,RP11-539L10.2是表示该基因RP11-539L10.2的表达量,以log2(FPKM+1)作为该基因RP11-539L10.2表达量的值,其中,FPKM的计算公式为:FPKM=(每条RNA比对到的reads数目)/(样本总比对read数目×基因的长度)×106,其他基因表达量采用同样的算法。
6.根据权利要求4所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒,其特征在于,所述说明书中还记载:当检测样本评分Score<-2.838时,代表该样本存在抗氧化应激通路相关基因突变;当检测样本评分Score≥-2.838时,代表该样本不存在抗氧化应激通路相关基因突变。
7.根据权利要求4所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒,其特征在于,所述说明书中还记载:使用所述试剂盒时,检测样本为新鲜组织肿瘤样本。
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