[发明专利]与辣椒果实朝向紧密相关SNP的应用、其特异性CAPS引物及鉴定方法

说明书

本发明涉及分子标记领域，具体涉及与辣椒果实朝向紧密相关SNP的应用、其特异性CAPS引物及鉴定方法。所述SNP位点的位置为Chr12：37458043，其中，野生型基因组碱基为C，其果实朝上；突变碱基为T，其果实朝下。此标记的开发利用使得苗期就可以鉴定出果实朝向，并且本发明设计的分子标记位于基因内部，具有高效鉴定效果。

技术领域

本发明涉及分子标记领域，具体涉及与辣椒果实朝向紧密相关SNP的应用、其特异性CAPS引物及鉴定方法。

背景技术

辣椒(Capsicum spp.)属茄科(solanaceae)辣椒属(Capsicum)，起源于美洲的热带和亚热带地区。辣椒具有重要的经济价值，在世界范围内被广泛种植。在过去的几十年里，随着辣椒分子标记的发展，已将其应用于评估辣椒的多样性、构建遗传图谱和进行标记辅助选择(MAS)。随着测序技术的快速发展，第三代标记系统如单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失多态性(InDels)在辣椒中大量发现，用于遗传定位、多样性分析等。

在茄科作物中，果实朝向是辣椒的一个独特性状。果尖方向从野生型直立到栽培下垂的转变特别重要。野生辣椒的果实朝向是向上，这可能更容易让鸟类取食，从而使其种子传播更远。在选择驯化过程中，出现了果实朝下的辣椒材料，这种变化可能与果实大小的增加或更好地抵御生物和非生物因素的威胁有关，果实朝下能减少鸟类取食，减轻阳光直射造成伤害。辣椒果实朝向为简单遗传，受到up位点的控制，该位点定位于P12染色体，已报道开发了与其相关的分子标记，包括A2C7469(与果实朝向的遗传距离为1.7cM)和upCAPS(与果实朝向的遗传距离为4.3cM)，在开发这些分子标记进行遗传定位研究时尚缺乏辣椒基因组序列信息，并未确定准确的物理候选区域和基因。2014年辣椒基因组序列公布(Kimet al.,2014；Qin et al.,2014)，这为定位性状物理位置的确定提供了基础。2016年，Han等(2016)对重组自交系群体和双亲进行重测序，构建超高密度图谱，将果实朝向的QTLs分别定位到第1、4、12号染色体。Cheng等(2016)以Zunla-1为参考基因组，利用重测序数据构建芯片进行遗传定位，将辣椒果实朝向定位到12号染色体36.54Mb至41.06Mb区间，根据Zunla-1基因组的注释，预测总共有65个蛋白质编码基因。

发明内容

本发明的目的是提供与辣椒果实朝向紧密相关SNP的应用。

本发明的目的是提供与辣椒果实朝向紧密相关SNP的特异性CAPS引物。

本发明的再一目的是提供上述与辣椒果实朝向紧密相关SNP的特异性CAPS引物的应用。

本发明的再一目的是提供鉴定辣椒材料的果实朝向的方法。

本发明提供了与辣椒果实朝向紧密相关SNP的应用，其中，所述SNP位点的位置为Chr12：37458043，参考基因组碱基为C，辣椒果实朝上，突变碱基为T，辣椒果实朝下。

根据本发明的与辣椒果实朝向紧密相关SNP的应用，其中，基于所述SNP位点设计特异性引物，并将PCR产物采用进行酶切，在Chr12：37458043位点处碱基为C时，能够被酶切开，碱基为T时，不能被酶切开。

与辣椒果实朝向紧密相关SNP的特异性CAPS引物，其核苷酸序列如下所示：

F-5’AGCTTATCACAACTCCGCACT3’；R-5’CCTGCACATCTGATCGCACTA3’。

本发明提供了上述与辣椒果实朝向紧密相关SNP的特异性CAPS引物的应用。

根据本发明的应用，所述特异性CAPS引物用于鉴定辣椒果实的朝向。

根据本发明的鉴定辣椒果实朝向的方法，包括使用上述与辣椒果实朝向紧密相关SNP的特异性CAPS引物对待测材料进行PCR扩增的步骤。