[发明专利]基于一代测序技术的自动化菌种鉴定方法、系统、终端及介质

权利要求书

1.一种基于一代测序技术的自动化菌种鉴定方法，其特征在于，所述方法包括：

对获取的一或多个样本分别所具有的两个峰图文件依次进行格式检查，并获得具有两个合格峰图文件的合格样本；

对各合格样本中的两个合格峰图文件分别进行长度质控，获得各合格样本中对应各合格峰图文件的两端切割位点以及经过质控后分别对应各合格峰图文件的一端序列；

基于对应合格样本中的各合格峰图文件的双端切割位点，分别对各合格峰图文件进行杂峰判定，以输出对应各合格峰图文件的杂峰鉴定结果；

将经过质控后各合格样本分别对应两个合格峰图文件各自的一端序列进行序列拼接，并分别以一拼接样本文件进行储存；

根据各拼接样本文件进行数据库比对，获得对应各合格样本的菌种鉴定结果。

2.根据权利要求1中所述的基于一代测序技术的自动化菌种鉴定方法，其特征在于，所述对获取的一或多个样本分别所具有的两个峰图文件依次进行格式检查，并获得具有两个合格峰图文件的合格样本包括：

基于ab1格式判定条件，对经过一代测序获取的各的一或多个样本分别所具有的两个峰图文件依次进行格式检查；

提取每个峰图文件均符合所述ab1格式判定条件的一或多个样本，以作为合格样本；其中，每个合格样本包括：两个合格峰图文件。

3.根据权利要求1中所述的基于一代测序技术的自动化菌种鉴定方法，其特征在于，所述对各合格样本中的两个合格峰图文件分别进行长度质控，获得各合格样本中对应各合格峰图文件的两端切割位点以及经过质控后分别对应各合格峰图文件的一端序列包括：

利用R语言的sangeranalyseR软件包，分别对各合格样本中各合格峰图文件的序列两端不符合质控标准的碱基进行切割，获得获得各合格样本中对应各合格峰图文件的两端切割位点以及经过质控后分别对应各合格峰图文件的一端序列。

4.根据权利要求1中所述的基于一代测序技术的自动化菌种鉴定方法，其特征在于，所述基于对应合格样本中的各合格峰图文件的双端切割位点，分别对各合格峰图文件进行杂峰判定，以输出对应各合格峰图文件的杂峰鉴定结果包括：

基于对应各合格样本的各合格峰图文件的双端切割位点，获得各合格峰图文件中的杂峰判定范围；

对所述峰图文件中处于所述杂峰判定范围的碱基位置进行杂峰判断，并获得判断为杂峰的碱基位置的数量；

根据判断为杂峰的碱基位置的数量以及所述杂峰判定范围，计算杂峰比例；

基于杂峰比例阈值，对各所述杂峰比例进行杂峰污染判断，以输出对应各合格样本中各合格峰图文件的杂峰鉴定结果；

其中，所述杂峰鉴定结果包括：对应未杂峰污染的未污染鉴定结果、对应杂峰污染的污染鉴定结果以及对应疑似杂峰污染的疑似污染鉴定结果中的一种或多种。

5.根据权利要求1中所述的基于一代测序技术的自动化菌种鉴定方法，其特征在于，所述将经过质控后各合格样本分别对应两个合格峰图文件各自的一端序列进行序列拼接，并分别以一拼接样本文件进行储存包括：

利用PHRAP程序对经过质控后各合格样本分别对应两个合格峰图文件各自的一端序列进行序列拼接，并分别以一拼接样本文件进行储存。

6.根据权利要求1中所述的基于一代测序技术的自动化菌种鉴定方法，其特征在于，根据各拼接样本文件进行数据库比对，获得对应各合格样本的菌种鉴定结果包括：

将各拼接样本文件进行整合，获得整合序列文件；

利用BLAST工具和NT数据库，对所述整合序列文件进行序列相似性比对，以获得获得对应各样本的菌种鉴定结果。

7.根据权利要求1中所述的基于一代测序技术的自动化菌种鉴定方法，其特征在于，所述方法还包括：

对鉴定过程的所有数据进行整理，并生成结果文件夹；

其中，所述结果文件夹包括：各合格样本中的各合格峰图文件、对应各合格峰图文件的杂峰鉴定结果、对应各合格样本的菌种鉴定结果、对应各合格样本的各拼接样本文件、各合格样本中对应各合格峰图文件的两端切割位点以及经过质控后分别对应各合格峰图文件的一端序列中的一种或多种。