[发明专利]蓝莓品种特异性分子标记位点及其筛选方法和应用

说明书

本发明公开了37种蓝莓品种特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super‑GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；（3）对测序数据进行过滤后，筛选，验证，获得准确鉴定37种蓝莓品种的1412个SNP标记位点；（4）基于这些位点标记开发出一种简便、快速、准确鉴定37种蓝莓品种的方法，为从源头准确控制蓝莓品种奠定技术基础。

技术领域

本发明涉及37种蓝莓品种特异性分子标记及其筛选方法和应用，属于生物技术领域。

背景技术

蓝莓，又名越橘，杜鹃花科(Ericaceae)越橘属(Vaccinium sp.)植物，原产于北美，在我国主要分布于东北和西南地区。世界范围内约有400余种，我国约有91个种。商业栽培品种主要划分为：高丛蓝莓(V.corymbosum)、半高丛蓝莓(V.angustifolium×V.corym-bosum)、兔眼蓝莓(V.ashei)和矮丛蓝莓(V.an-gustifolilm)4个类型，其中高从蓝莓又可分成北高丛和南高丛2个亚类。

中国作为当前全球58个蓝莓生产国中的主要贡献国之一，蓝莓商业化栽培始于2000年，发展至今仅20年的时间，历经了研究阶段(1983年至1998年)、规模化种植试验示范阶段(1999年至2005年)和快速发展阶段(2006年以后)，范围遍布全国从南到北、从东到西的27个省、直辖市、自治区，初始栽培面积仅为10hm 2截至2020年底，全国蓝莓栽培面积6.64万hm 2，总产量34.72万吨，鲜果产量23.47万吨。

我国蓝莓商业化种植起步较晚，只有20年的历史，产业化发展走的是“引进、消化吸收和利用”之路。到目前为止，生产上主栽品种均为从国外引入。蓝莓的规模化育苗主要采用组织培养的方式进行，组培苗经过多次移栽和炼苗才能进入市场销售环节。为避免苗木繁育和销售种植环节发生品种混杂，造成经济损失，因此开发主栽蓝莓品种鉴定方法对于蓝莓的繁育和种植环节具有极其重要的应用价值。

发明内容

本发明提供37种蓝莓品种的特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，共筛选到1412个品种特异性的SNP标记，基于这些标记开发出一种简便、快速、可靠鉴定37种蓝莓品种的方法，为从源头上准确控制蓝莓品种奠定技术基础。

本发明所述的可以鉴定的37种蓝莓品种包括Berkeley、Biloxi、Bluecrop、Bluegold、Blueray、Brigitta、Earliblue、Elliott、Hardyblue、Jersey、Jubilee、Legacy、Misty、O'Neal、Patriot、Reka、Rubel、Sharpblue、Spartan、Summit、Sunshine Blue、Toro、Bluetta、Powder Blue、Pink Lemonade、Sweet Heart、JE、EM、Duke与C2--Duke(为不同来源Duke品种)、Draper、Liberty、US-R-03、US-S-08、US-S-09、L1、L3和普鲁。

其中，Duke与C2--Duke为不同来源Duke品种，在本专利中算作一种蓝莓品种。

为解决上述技术问题，本发明采用下述技术方案予以实现：

首先，本发明提供一种利用简化基因组测序技术Super-GBS筛选37种蓝莓品种的特异性分子标记的方法，包括如下步骤：

(1)利用品种已知且准确的37种蓝莓品种为样品，取叶片提取基因组DNA；

(2)按照简化基因组测序技术Super-GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；

(3)对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点；

(4)对SNP进行过滤，过滤条件为：SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点；剔除所有样品中分型一致的位点；