[发明专利]一种基于单核细胞采集肿瘤核酸的胶质瘤分检装置在审
申请号: | 202110660861.2 | 申请日: | 2021-06-15 |
公开(公告)号: | CN113393901A | 公开(公告)日: | 2021-09-14 |
发明(设计)人: | 汪强虎;吴维;吴玲祥;王子宇 | 申请(专利权)人: | 南京医科大学 |
主分类号: | G16B30/10 | 分类号: | G16B30/10;G16B35/20;G16B40/00;G16B50/00 |
代理公司: | 北京汇捷知识产权代理事务所(普通合伙) 11531 | 代理人: | 赵艳 |
地址: | 210000 江苏*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 单核 细胞 采集 肿瘤 核酸 胶质 瘤分检 装置 | ||
1.一种基于单核细胞采集肿瘤核酸的胶质瘤分检装置,其特征在于,该装置包括:
采集模块,用于采集单核细胞内的肿瘤核酸;
信息对比模块,用于对高通量测序的下机数据进行处理,并将下机数据比对至参考基因组,获得表达信息;
信息分析模块,用于将基因组合中的基因的表达进行统计,计算胶质瘤特征基因得分;
判定模块,用于依据计算胶质瘤特征基因得分预测待测样本的胶质瘤状态。
2.如权力要求1所述的基于单核细胞采集肿瘤核酸的胶质瘤分检装置,其特征在于,在采集模块中,所述的采集单核细胞内的肿瘤核酸具体为:从外周血分离出CD14+单核细胞。
3.如权利要求1所述的基于单核细胞采集肿瘤核酸的胶质瘤分检装置,其特征在于,在信息对比模块中,所述下机数据进行处理具体包括:对测序所得的每个样本序列进行过滤以去除掉不合格的序列和接头序列。
4.如权利要求1所述的基于单核细胞采集肿瘤核酸的胶质瘤分检装置,其特征在于,在信息对比模块中,所述将下机数据比对至参考基因组具体为:将过滤的每个样本序列分别比对到参考基因组序列,对比后的每个样本序列分别进行筛选以得到唯一比对的样本序列,确定每个唯一比对的样本序列相对于参考基因组序列的位置信息,并对位置信息进行排序以获得所有基因BG的秩次。
5.如权利要求3所述的基于单核细胞采集肿瘤核酸的胶质瘤分检装置,其特征在于,在信息分析模块中,所述胶质瘤特征基因得分的计算具体包括以下步骤:
特征基因筛选,保留在Data_A原发GBM中基因平均表达值在前50%的基因作为胶质瘤特征基因;
将收集的基因样本分为训练集和测试集,使用训练集数据构建模型,将模型在测试集上进行性能评估。
6.如权利要求1所述的基于单核细胞采集肿瘤核酸的胶质瘤分检装置,其特征在于,在判定模块中,通过对比胶质瘤和健康人群对照样本确定后续用于判定是否为胶质瘤类型的GSS阈值,所检测样品的GSS若在阈值范围内,则判定该样品为胶质瘤类型。
7.如权利要求5所述的基于单核细胞采集肿瘤核酸的胶质瘤分检装置,其特征在于,所述阈值范围为0.5~1。
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