[发明专利]使用基因组特异性探针的循环肿瘤和肿瘤干细胞检测

说明书

本申请涉及使用基因组特异性探针的循环肿瘤和肿瘤干细胞检测。本公开内容包括检测循环肿瘤细胞的方法，以及使用所要求保护的方法来在患者中检测、评价或分期癌症的方法和在患者中监测癌症治疗的方法。在另一些实施方案中，所述方法提供了涉及通过接触来自患者的含血细胞样品来确定来自患者的含血细胞样品中循环肿瘤细胞(CTC)的水平的方法。

本申请是申请号为201580075104.1的发明名称为“使用基因组特异性探针的循环肿瘤和肿瘤干细胞检测”的中国专利申请的分案申请，原申请是2015年12月10日提交的PCT国际申请PCT/US2015/065057于2017年07月31日进入中国国家阶段的申请。

本申请要求于2014年12月10日提交的美国临时申请序列号62/090,167的优先权权益，其全部内容在此通过引用并入。

技术领域

本公开内容涉及肿瘤学、遗传学和分子生物学领域。更特别地，本公开内容涉及使用针对高度预测赘生物形成(neoplasia)的发生和赘生性事件的进展的区域的探针。利用本公开内容，可以使用极少量的血液(例如，手指针刺物)来筛选对象的例如肺癌。

背景技术

相关技术说明

据估计2005年在美国肺癌占新癌症病例的13％，并且是癌症死亡的主要原因。不幸的是，尽管在治疗上取得了进展，但是总体5年存活率仍保持低于15％。明显地，需要开发用于治疗肺癌的新策略，并且同时开发可以用于监测对新治疗的早期应答的灵敏性替代生物标志物。构成肿瘤亚群的一小部分但确是关键部分的循环癌细胞(circulating cancercell，CTC)或肿瘤干细胞的存在现在被认为是用于检测和根除患者应答和存活的“圣杯”。

Cristofanilli等(2004)在患有转移性乳腺癌的患者的前瞻研究中表明，在基线处CTC高于5个/7.5ml血液的患者与显著更短的无进展存活和更短的总体存活二者均相关。Pierga等类似地报道了患有乳腺癌的患者的外周血中细胞角蛋白阳性CTC的存在与阶段和预后相对应(Pierga等，2004)。一些研究者已着眼于与原发性肿瘤相比转移细胞中的基因组标签，并且已经发现原发性肿瘤中预测转移和不良临床结果的基因表达标签(Gangnus等，2004；Ramaswamy等，2003；Muller和Pantel，2004)。另一些研究者使用PCR在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer，NSCLC)病例中的外周血中鉴定与CTC有关的基因，并且已经表明不良的治疗应答与治疗后的CTC检测有关(Sher等，2005)。