[发明专利]低分子肝素糖链序列检测方法、系统及测序试剂盒有效
申请号: | 202110691317.4 | 申请日: | 2021-06-22 |
公开(公告)号: | CN113393904B | 公开(公告)日: | 2022-10-18 |
发明(设计)人: | 迟连利;石德玲;张彬;陈晴晴 | 申请(专利权)人: | 山东大学 |
主分类号: | G16B50/00 | 分类号: | G16B50/00;G16B20/30;G01N30/86 |
代理公司: | 青岛清泰联信知识产权代理有限公司 37256 | 代理人: | 徐艳艳 |
地址: | 264209 *** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 分子 肝素 序列 检测 方法 系统 试剂盒 | ||
1.一种低分子肝素糖链序列检测方法,其特征在于,包括:
样品制备步骤:根据实验需求分离或制备一组低分子肝素寡糖混合物样品;
样品处理步骤:对低分子肝素寡糖混合物样品进行完全酶解和亚硝酸降解,分别获得酶解的8种基本组成单元数组和3-O-硫酸数组及内醚数组、亚硝酸降解数组;
数据处理步骤:根据所述基本组成单元数组及所述亚硝酸降解数组通过对不同二糖的IdoA/GlcA进行计算获得二糖异构单元数组;
数据库构建步骤:根据寡糖聚合度、所述二糖异构单元数组、所述3-O-硫酸数组及所述内醚数组构建序列数据库;
检测结果输出步骤:根据输入的限定条件信息通过所述序列数据库进行筛选,输出结果文件;
其中,所述数据库构建步骤包括:
无内醚结构理论结构数据库构建步骤:根据所述3-O-硫酸数组及所述二糖异构单元数组构建无内醚结构理论结构数据库;
含内醚结构理论结构数据库构建步骤:根据所述3-O-硫酸数组、所述内醚数组及所述二糖异构单元数组构建含内醚结构理论结构数据库;
合并步骤:对所述无内醚结构理论结构数据库及所述含内醚结构理论结构数据库进行关联合并获得所述序列数据库。
2.如权利要求1所述的低分子肝素糖链序列检测方法,其特征在于,所述样品处理步骤包括:
酶解处理步骤:通过肝素酶Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ混合酶对所述低分子肝素寡糖混合物样品进行完全酶解获得所述酶解的8种基本组成单元数组、所述3-O-硫酸数组及所述内醚数组;
亚硝酸降解处理步骤:通过亚硝酸对所述低分子肝素寡糖混合物样品进行降解获得所述亚硝酸降解数组。
3.如权利要求1所述的低分子肝素糖链序列检测方法,其特征在于,所述结果文件包括:有内醚部分结构的序列-生成时间、无内醚部分结构的序列-生成时间、全量数据的序列-按照含量倒序排列-生成时间、筛选序列-生成时间及日志文件中的至少一者,所述日志文件包括计算序列的总数、二糖异构数组的种类及数值、全量数据的总记录数、无内醚数据的总记录数、有内醚数据的总记录数中的至少一者。
4.如权利要求2所述的低分子肝素糖链序列检测方法,其特征在于,所述无内醚结构理论结构数据库构建步骤包括:若所述3-O-硫酸数组中所有元素均为0时,设置选取的元素个数为dp/2,从所述二糖异构单元数组中选择个数为dp/2个元素,将选出的所有元素按顺序排列成一排后,计算并输出各元素字符串的连接及各元素值的乘积;若所述3-O-硫酸数组中所有元素不为0时,设置选取的元素个数为(dp-4)/2,从所述3-O-硫酸数组中取至少1个元素,从所述二糖异构单元数组中取个(dp-4)/2个元素,将选取的其余元素按顺序排列成一排后,计算并输出各元素字符串的连接及各元素值的乘积,其中dp为寡糖聚合度。
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