[发明专利]检测水稻耐盐性基因SKC1NB

权利要求书

1.检测水稻耐盐性基因SKC1^NB的KASP分子标记，其特征在于，所述KASP分子标记(SKC1^NB-KASP)的引物序列为：

正向引物1：5’-TGCTTGTTCCGACGTCCTAACC-3’；

正向引物2：5’-CGCTTGTTCCGACGTCCTAAC-3’；

反向通用引物：5’-TACTACTCACACGTCGTCGTCATCA-3’。

2.根据权利要求1所述的检测水稻耐盐性基因SKC1^NB的KASP分子标记，其特征在于，所述正向引物1的5'端具有HEX荧光信号标签，HEX标签序列为：5'-HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'；所述正向引物2的5'端具有FAM荧光信号标签，FAM标签序列为：5'-FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'。

3.检测水稻耐盐性基因SKC1^NB的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)提取水稻待测样本的DNA；

2)采用SKC1^NB-KASP分子标记对待测样本的基因组DNA进行目标序列的PCR扩增；所述KASP分子标记的引物序列为：

正向引物1：5’-TGCTTGTTCCGACGTCCTAACC-3’；

正向引物2：5’-CGCTTGTTCCGACGTCCTAAC-3’；

反向通用引物：5’-TACTACTCACACGTCGTCGTCATCA-3’；

3)对扩增后的样品进行基因分型检测，根据基因分型的结果判断样本材料中是否具有耐盐性等位基因SKC1^NB。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述正向引物1的5'端加有HEX荧光信号标签，HEX标签序列为：5'-HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'；所述正向引物2的5'端加有FAM荧光信号标签，FAM标签序列为：5'-FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'。

5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤2中PCR扩增反应体系为10μL，包括2×KASP Master mix 5μL，KASP Primer mix 0.14μL，模板DNA 1.0μL，ddH2O 3.86μL。

6.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤2中PCR扩增反应程序如下：94℃预变性15min；94℃变性20s；61-55℃退火延伸60s，10个循环，每个循环降低0.6℃；94℃变性20s；55℃退火延伸60s，26个循环。

7.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤3中基因分型的方法为：PCR扩增反应结束后，采用酶标仪检测PCR产物，将数据导入KlusterCaller数据处理软件进行分析，根据颜色分类，聚合在接近X轴的显示蓝色的样本的基因型为连接FAM荧光标签序列的非SKC1^NB等位基因型，聚合在接近Y轴上的显示红色的样本的基因型为连接HEX荧光标签序列的SKC1^NB等位基因型，中间显示绿色的样本的基因型为两种等位基因的杂合型。