[发明专利]基于reads深度进行目的基因外显子水平缺失检测的方法及装置

权利要求书

1.一种基于reads深度进行目的基因外显子水平缺失检测的方法，其特征在于，包括：

S1，将参考基因组划分为多个bin，根据目的基因分为target区域的bin和off-target区域的bin，将reads比对到所述参考基因组上，并分别计算target区域和off-target区域的每个bin内的平均reads深度和深度的log2值；

S2，合并target区域和off-target区域reads深度统计，并将其标准化；

S3，对所述S2中标准化的结果根据第一阈值范围划分外显子水平的缺失结果，对于标准化后得到的log2值根据第二阈值进行定义目的基因的缺失状态；

所述S2中的标准化包括：利用搭建好的PON数据库进行标准化，校正测序基因组GC含量和重复序列从而校正bin 深度；

所述S2中的标准化中，利用如下公式校正bin深度，减去PON数据库的深度的log2值，滑动居中log2比率；，其中，第i个bin标准化后的reads数量定义为Ai，Ci是血液样本数据中第i个bin中的read的数量，M是具有正常拷贝数的bin的预期reads计数，αi为GC不同含量评估值，βi为mappability评估值。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述基于reads深度进行目的基因外显子水平缺失检测的方法还包括：S4，筛选划分不同bin中的目的基因的区域，进行过滤其他bin，合并目的基因的检测结果，利用所述标准化后的reads深度分布进行可视化展示。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述bin为外显子水平的bin。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述PON数据库是用N个健康人比对软件的输出结果Bam文件构建的，包括健康人的reads深度统计及log2标准化值、基因组的GC、重复序列和外显子边界深度的正态分布情况，所述N≥20。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目的基因为IKZF1，所述S3中对于标准化后得到的log2值根据阈值进行定义目的基因的缺失状态包括：Log2值小于-1.1定义为cn=0，为纯合缺失；Log2值小于-0.4定义为cn=1，为杂合缺失；Log2值为-0.4到0.7是正常范围。

6.一种基于reads深度进行目的基因外显子水平缺失检测的装置，其特征在于，包括：

reads深度计算模块，设置为将参考基因组划分为多个bin，分为target区域的bin和off-target区域的bin，将reads比对到所述参考基因组上，并分别计算target区域和off-target区域的每个bin内的平均reads深度和深度的log2值；

标准化模块，设置为合并target区域和off-target区域reads深度统计，并将其标准化；

判断模块，设置为对所述标准化模块中标准化的结果根据第一阈值范围划分外显子水平的缺失结果，对于标准化后得到的log2根据第二阈值进行定义目的基因的缺失状态；

所述标准化模块中的标准化包括：利用搭建好的PON数据库进行标准化，校正测序基因组GC含量和重复序列从而校正bin 深度；

所述标准化模块中，利用如下公式校正bin深度，减去PON数据库的深度的log2值，滑动居中log2比率；，其中，第i个bin标准化后的reads数量定义为Ai，Ci是血液样本数据中第i个bin中的read的数量，M是具有正常拷贝数的bin的预期reads计数,αi为GC不同含量评估值，βi为mappability评估值。

7.根据权利要求6所述的装置，其特征在于，所述装置还包：可视化展示模块，设置为筛选划分不同bin中的目的基因的区域，进行过滤其他bin，合并目的基因的检测结果，利用所述标准化后的reads深度分布进行可视化展示。

8.根据权利要求6所述的装置，其特征在于，所述bin为外显子水平的bin。