[发明专利]基于reads深度进行目的基因外显子水平缺失检测的方法及装置

说明书

本发明公开了一种基于reads深度进行目的基因外显子水平缺失检测的方法及装置。该方法包括：S1，将参考基因组划分为多个bin，将reads比对到参考基因组上，并分别计算target区域和off‑target区域的每个bin内的平均reads深度和深度的log2值；S2，合并target区域和off‑target区域reads深度统计，并将其标准化；S3，对S2中标准化的结果根据第一阈值范围划分外显子水平的缺失结果，对于标准化后得到的log2根据第二阈值进行定义目的基因的缺失状态。应用本发明的技术方案，能够对目的基因外显子水平的缺失进行检测，还可以精确的检测出目的基因是杂合缺失或者是纯合缺失。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体而言，涉及一种基于reads深度进行目的基因外显子水平缺失检测的方法及装置。

背景技术

IKZF1最常见的变异类型是大片段缺失，大多数情况下会导致IKZF1蛋白功能异常，不同外显子缺失导致不同异构体的形成。IKZF1基因缺失常见于B-ALL患者，尤其常见于Ph阳性ALL患者和Ph样(Ph-like)ALL患者，在儿童患者发生率约为15%，在成人患者发生率约为40%。大部分研究认为存在IKZF1基因缺失的B-ALL患者预后不良，这一不良预后影响也存在于接受伊马替尼治疗的Ph阳性ALL患者。根据国内外对IKZF1大量的研究，目前认为IKZF1为儿童ALL重要不良预后因素，而且这一指标已被纳入中国儿童ALL诊疗建议及NCCN指南。

有越来越多的证据表明，BCP-ALL中存在的复发性染色体畸变（例如BCR-ABL1融合或CRLF2重排）驱动白血病早期的发生发展。在BCR-ABL1阳性和CRLF2重排的BCP-ALL中经常观察到基因损伤导致淋巴样转录因子IKZF1失活。BCR-ABL1阳性和CRLF2重排的BCP-ALL与JAK1和JAK2激活突变相关。同样，IKZF1变异在具有激酶激活损伤的BCR-ABL1样ALL发生率较高，其中涉及ABL1/ ABL2，CSF1R，EPOR，JAK2和PDGFRB的重排，或影响FLT3，IL7R或SH2B3突变。总体而言，这些发现表明IKZF1功能的丧失与活化的酪氨酸激酶信号通路密切相关，后者与祖细胞B细胞增殖不凋亡有关。另外，IKZF1基因缺失和突变导致IKZF1功能丧失，从而影响多种途径，包括前B细胞受体信号转导，细胞粘附和增殖，代谢途径以及信号转导子和细胞表面受体。

目前临床上检测IKZF1缺失使用的方法多为多重连接探针依赖性扩增（MLPA）技术和比较基因组杂交技术（comparative genomic hybridization, CGH）。比较基因组杂交技术（comparative genomic hybridization, CGH）是检测DNA拷贝数的分子细胞遗传学方法，是检测整个基因重排情况的有效方法，但并不能检测出拷贝数正常的染色体突变类型。多重链接依赖探针扩增技术（multiplex ligation-dependent drobe amplification,MLPA）是应用最广泛的检测基因DNA序列拷贝数异常的方法，是检测IKZF1外显子水平的缺失最常用的方法。

随着高通量测序技术的发展，NGS技术可以一次测序同时实现点突变、缺失等多维度变异类型的检测。亟待开发基于测序技术的外显子水平缺失检测方法。

发明内容

本发明旨在提供一种基于reads深度进行目的基因外显子水平缺失检测的方法及装置，以提供一种能够准确检测目的基因外显子水平的缺失的方法或装置。