[发明专利]一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂、试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂、试剂盒及其应用，涉及基因检测技术领域。以人RAPGEFL1基因的CpG岛的甲基化作为标志物，通过检测其甲基化水平的增加可以对食管癌进行诊断或辅助诊断，具有较高的灵敏度和特异性。采用本发明提供的检测试剂和试剂盒能有效地提高食管癌的检出率，从而满足食管癌/癌前病变早筛早诊的临床需求。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，具体而言，涉及一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂、试剂盒及其应用。

背景技术

食管癌是发生在食管黏膜上皮及食管腺上皮的恶性肿瘤，是消化系统最常见的恶性肿瘤之一。据全球癌症统计数据显示，2018年食管癌的发病率居恶性肿瘤第八位，死亡率居第七位。

食管癌的早期诊断能明显提高治疗效果并改善患者的预后，目前内镜和细胞活检等技术相结合有效提高了高危人群中食管癌的检出率，但这些技术存在患者接受度低、操作不够灵活等问题。

近期分子生物学方面的进展为开发简便、有效的早期诊断方法提供了新的方向，食管癌组织中存在多基因、多位点的甲基化，并且在食管癌发生的早期即出现DNA甲基化的改变，因此，甲基化改变可以作为食管癌早期诊断的标志物，从DNA甲基化角度探索食管癌诊断策略已成为一种新的思路。

鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的目的在于提供一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂、试剂盒及其应用以解决上述技术问题。

本发明是这样实现的：

本发明提供了一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂在制备食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断产品中的应用，试剂为用于检测食管癌相关基因上的靶区域的甲基化的试剂，食管癌相关基因为RAPGEFL1基因，靶区域选自RAPGEFL1基因的如下至少一种区域中的全长区域或部分区域：区域1、区域2和区域3；

其中，区域1选自Chr17:40191282-40191349正链，区域2选自Chr17:40191371-40191476正链，区域3选自Chr17:40191544-40191653正链。

以GRch38.p13基因组为参照，RAPGEFL1基因位于人的17号染色体上的40177010-40195655位置。RAPGEFL1基因编码Rap型鸟苷酸交换因子1(rap guanine nucleotideexchange factor like 1)。

发明人发现，RAPGEFL1基因的三个区域在食管癌/癌前病变中的甲基化水平显著高于正常样本，基于此，可以通过检测这三个区域的甲基化水平实现食管癌诊断或辅助诊断，若这三个区域的中的至少一个区域的甲基化水平高于正常样本的甲基化水平，则可诊断或辅助诊断该样本患有食管癌/癌前病变。

在本发明应用较佳的实施方式中，上述靶区域选自RAPGEFL1基因的区域3中的全长区域或部分区域：区域3选自Chr17:40191544-40191653正链。

发明人发现区域3对于样本的检测灵敏度和特异性要优于区域1和区域2对于样本的检测灵敏度和特异性。

在本发明应用较佳的实施方式中，上述试剂用于检测RAPGEFL1基因上的区域1正链上的Chr17:40191282、Chr17:40191291、Chr17:40191299、Chr17:40191305、Chr17:40191324、Chr17:40191333、Chr17:40191342和Chr17:40191349至少一个位置上胞嘧啶的甲基化；

试剂用于检测RAPGEFL1基因上的区域2正链上的Chr17:40191391、Chr17:40191399、Chr17:40191407、Chr17:40191456和Chr17:40191458至少一个位置上胞嘧啶的甲基化；