[发明专利]基于特征序列设计引物的方法及系统

权利要求书

1.一种基于特征序列设计引物的方法，其特征在于其步骤包括：

(1)从网上下载需要用到基因组序列，目标序列为阳性序列，同源的其他序列为阴性序列，将阳性序列合并到一起，制作成positives.fa的fasta文件，阴性序列合并到一起，制作成negatives.fa的fasta文件；

(2)将阳性序列分割成适合进行比对的片段，并记录分割的位置；

(3)使用blast对阴性序列进行建库，然后将片段化的阳性序列比对到阴性序列进行筛选，得到一致性较低的特异性序列，并分为两级，第一级为比对到的长度小于300bp，且比对区域一致性低于70％的特异性序列，第二级为虽然比对区域的一致性高于70％但比对到的长度小于200bp的特异性序列；

(4)使用primer3对步骤(3)得到的一二级特异性序列进行引物设计，得到上游引物、下游引物和探针的序列及位置、长度；

(5)通过blast比对软件将步骤(4)得到的引物和探针比对到步骤(3)得到的阴性序列数据库，取没有比对上的引物和探针，然后将没有比对上的引物和探针与NCBI的nt数据库进行再次比对，获得具有特异性的引物和探针；

(6)对步骤(5)的结果进行整理，并输出上下游引物、探针与序列长度。

2.根据权利要求1所述的基于特征序列设计引物的方法，其特征在于：步骤(2)中阳性序列分割大小为300bp-1000bp。

3.根据权利要求2所述的基于特征序列设计引物的方法，其特征在于：步骤(2)中阳性序列分割大小为500bp。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的基于特征序列设计引物的方法，其特征在于：步骤(4)中上游引物、下游引物和探针的长度在18-25bp，GC含量控制在40％-60％之间，TM区间设置在57℃-60℃。

5.根据权利要求4所述的基于特征序列设计引物的方法，其特征在于：步骤(4)中上游引物、下游引物和探针的长度在20bp，TM值为60℃。

6.一种基于特征序列设计引物的系统，包括存储器，与所述存储器连接的处理器，存储在存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序，其特征在于：所述处理器运行所述计算机程序时执行权利要求1-5中任一项所述的设计引物的方法。

7.根据权利要求6所述的基于特征序列设计引物的系统，其特征在于:所述计算机程序基于python语言编写。