[发明专利]一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记及其应用，包括分子标记SNP1和分子标记SNP2；所述分子标记SNP1位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第1919位，该处碱基为T或C；所述分子标记SNP2位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第4784位，该处碱基为T或C。本发明公开的SNP位点与低氧胁迫下鳜鱼存活率显著相关，该SNP 1919位TT基因型和4784位TC基因型的个体耐低氧能力显著强于基因型为TC和TT的个体，可以进行分子标记辅助育种，不受鳜鱼的年龄、性别等限制，可用于鳜鱼的早期选育，显著促进鳜鱼的育种进程和运输中低氧条件下的存活率，且方法准确可靠，操作简便。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记及其应用。

背景技术

鳜(Siniperca chuatsi)俗称桂花鱼、鳌花及花鲫等，属鲈形目(Perciformes)暖鲈科(Percichthyidae)鳜亚科(Sinipercinae)。因其肉质丰腴、无肌间刺、味道鲜美、胆固醇含量低及营养价值高等优点，在我国广泛养殖。据统计，我国鳜养殖量逐年递增，从2003——2019年间，国内鳜产量从15万t增至30多万t。鳜养殖主产区为广东、江西、湖北、安徽及江苏等多个省份，其中广东的鳜产量最高，约占全国总产量的30％。因其独特的摄食习性，多年来我国主要以饵料鱼进行鱖的养殖，这种养殖方式不仅会造成渔业资源的浪费、养殖水环境的污染，还会导致鳜抗病力的下降、疾病的频发等问题，严重制约着我国鳜养殖业的可持续发展。近年来出现耐低氧速度慢、抗病能力弱、病害增加等种质退化现象，良种问题已成为制约鳜鱼养殖业稳定发展的主要因素之一。因此，培育出具有耐低氧快、产量高等优良耐低氧性状的新品系是保障鳜鱼养殖业可持续发展的必要条件。

分子标记辅助选择育种是近年发展起来的一种结合传统遗传育种与现代分子生物学的鱼类遗传育种方法，针对改良选育物种的重要经济性状，利用DNA分子标记对育种材料进行选择的育种方法。随着分子生物技术的发展，分子标记辅助育种在鱼类育种工作中越来越重要，为鱼类育种开辟了一条新的途径，并表现出其独特的优越性。单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms，SNPs)标记作为第三代分子标记具有多态性高、遗传稳定和检测方便等优点，已广泛应用于动植物分子育种研究领域。

目前尚未见到有关鳜鱼耐低氧性状相关基因的SNP分子标记的报道。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明提供一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记及其应用，目的是利用鳜鱼PARP14基因编码区上与耐低氧性状显著相关的SNP位点进行分子标记辅助育种，同时提供用于检测该SNP分子标记的2对引物，以及提供该SNP分子标记的应用。

本发明是通过以下技术方案实现的：

一种鳜鱼耐低氧性状相关SNP分子标记，包括分子标记SNP1和分子标记SNP2；所述分子标记SNP1位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第1919位，该处碱基为T或C；所述分子标记SNP2位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起的第4784位，该处碱基为T或C；所述耐低氧性状为可以在低氧环境中存活。

一种用于检测上述SNP分子标记的引物对，包括用于检测分子标记SNP1的引物对和用于检测分子标记SNP2的引物对；

所述用于检测分子标记SNP1的引物对，其上游引物和下游引物分别具有SEQ IDNO.2和SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列；

所述用于检测分子标记SNP2的引物对，其上游引物和下游引物分别具有SEQ IDNO.4和SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列。

一种用于检测上述SNP分子标记的试剂盒，所述试剂盒中含有上述引物对。

上述引物对或上述试剂盒在鳜鱼选育中的应用。