[发明专利]一种生物标志物及其在肝内胆管细胞癌预后预测中的应用

说明书

一种生物标志物及其在肝内胆管细胞癌预后预测中的应用，所述生物标志物选自LIX1L、LINC01822、TUBA4A、AC023481.1、MFSD1、AC097173.1、FAM153B、STEAP2/STEAP2‑AS1、CDKN2B、FAM205BP、GAD2、LETMD1、RASSF3、AC073592.4、GOLGA6B、ORC6、TMEM106A中的至少一种基因的基因区域，所述基因区域为基因的增强子、启动子、外显子、内含子、5’非翻译区或3’非翻译区。本发明采用全基因组DNA甲基化测序，在整个基因组范围内描述了肝内胆管细胞癌整体的表观遗传学改变，并系统地评估出17个基因区域的甲基化水平在肝内胆管细胞癌预后中的价值。

技术领域

本发明涉及生物医药领域，具体涉及一种生物标志物及应用了该生物标志物进行肝内胆管细胞癌预后预测的模型、产品及系统。

背景技术

肝内胆管癌(Intrahepatic cholangiocarcinoma，ICC)是肝脏自身产生的第二常见的恶性肿瘤，占原发性肝癌的4.8～12.0％，且预后较差。在过去的几十年中，肝内胆管癌的发病率和死亡率持续上升。完全的手术切除是患有可切除的肝内胆管癌患者长期生存的唯一选择，且部分患者在术后5年的总生存率(overall survival，OS)约为25.0～39.8％。

肝内胆管癌的高度侵略性的生物学行为以及缺乏特定的症状和体征的特点，使得大多数患者在初次诊断时即表现出相对晚期的疾病，因而只有少数的患者有机会进行手术切除。然而，治愈后的高复发率将导致预后不良，即使进行了根治性切除，仍然会有57.9～73.4％的患者复发，而41.3～42.5％的复发患者会死于复发。因此，确定根治性切除术后死亡或复发风险高的患者，并针对性地探索适当的辅助治疗策略至关重要。

5’甲基胞嘧啶(5-mC)中异常的DNA甲基化与肝内胆管细胞癌的发生和发展过程相关。但是，现有的关于甲基化与肝内胆管癌的研究主要集中于单个或多个常见的肿瘤抑制基因的甲基化水平上，例如CDH1、SOCS3、p15、hMLH1、APC、ARIDEAOPCML等，对其余的基因，以及基因上特定的基因区域的甲基化水平在预测肝内胆管细胞癌的长期预后方面的作用知之甚少。

发明内容

本发明一个目的在于提供一种生物标志物，所述生物标志物涉及1至17种基因区域，所述基因区域对应于1至18种基因，其中，基因区域可以是增强子、启动子、外显子、内含子、5’非翻译区和3’非翻译区中的一种。通过检测上述生物标志物的甲基化水平，能够基于各基因区域的甲基化水平计算得到基因组甲基化评分(genomic methylation score，GMS)，并通过基因组甲基化评分将进行肝内胆管癌预后。

上述目的通过下述技术方案实现：

一种生物标志物，所述生物标志物选自LIX1L、LINC01822、TUBA4A、AC023481.1、MFSD1、AC097173.1、FAM153B、STEAP2/STEAP2-AS1、CDKN2B、FAM205BP、GAD2、LETMD1、RASSF3、AC073592.4、GOLGA6B、ORC6、TMEM106A中的至少一种基因的基因区域，所述基因区域为基因的增强子、启动子、外显子、内含子、5’非翻译区或3’非翻译区。

传统的关于肝内胆管细胞癌DNA甲基化的研究主要集中于数个基因或者450k芯片结果，样本量小，无法完整地反映出基因上特定的基因区域的甲基化水平对肝内胆管癌的作用和影响。

本申请中，对选自四川大学华西医院、复旦大学中山医院和天津医科大学肿瘤医院的患者采用全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS)，在整个基因组范围内描述了肝内胆管细胞癌整体的表观遗传学改变，并系统地评估了各基因区域的甲基化水平的预后价值，基于甲基化水平的预后价值不同，构建了基因组甲基化评分以预测患者的预后。