[发明专利]基于甲基化的乳腺癌风险预测标志物、装置、方法及介质

权利要求书

1.基于甲基化的乳腺癌风险预测标志物，所述标志物包括两组基因集的甲基化位点和血细胞组分：

第一组基因集包括：ENTPD3、ITGA4、KRT83、LAPTM4B、LIN54、NEFL、NUP133、OTOS、PNLDC1、PSCA、RALA和SOX14，

第二组基因集包括：DCC、DHRS7C、ECHDC3、NKX2-6、RAB4A、SIGIRR、SYT12、TCTN1、WDR89、C6orf72和FLJ20184；

其中所述第一组基因集的DNA甲基化特征值是抑郁症筛查诊断的正标志物，所述第二组基因集的DNA甲基化特征值是抑郁症筛查诊断的负标志物，

所述第一组基因集的DNA甲基化特征值和所述第二组基因集的DNA甲基化特征值用于预测抑郁症，

所述血细胞组分包括T细胞比例、B细胞比例、NK细胞比例、淋巴细胞比例、单核细胞比例、粒细胞比例、CD4阳性细胞比例、CD8阳性细胞比例。

2.根据权利要求1所述的标志物，所述甲基化位点包括基因区域的甲基化位点，优选还包括启动子区域的甲基化位点，例如，所述第一组基因集的DNA甲基化位点如表2所示；所述第二组基因集的DNA甲基化位点如表4所示。

3.根据权利要求1或2所述的标志物，每个基因的甲基化特征值包括其基因体区位点的甲基化水平或它们均值，或者其基因区位点的甲基化水平的均值与其启动子区位点的甲基化水平的均值的差值或SIMPO值，例如，

用甲基化抑郁指数进行乳腺癌风险预测，所述甲基化抑郁指数通过下式计算：

其中为第一组基因集的甲基化特征值的均值，为第二组基因集的甲基化特征值的均值，为第一组基因集的甲基化特征值的方差，为第二组基因集的甲基化特征值的方差，n为第一组基因集的基因数量，m为第二组基因集的基因数量。

4.根据权利要求1或2所述的标志物，其特征在于，如下比值用于乳腺癌风险预测，通过所述血细胞组分计算比值：CD4CD8比值＝CD4阳性细胞/CD8阳性细胞比值、粒淋比NLR＝粒细胞/淋巴细胞比值、单核细胞淋巴细胞比值MLR＝单核细胞/淋巴细胞比值。

5.一种用于基于甲基化的乳腺癌风险筛查诊断的装置，所述装置包括：

数据获取模块，用于对待筛查受试者获取如下两组基因集的甲基化水平和血细胞组分的浓度值，

第一组基因集包括：ENTPD3、ITGA4、KRT83、LAPTM4B、LIN54、NEFL、NUP133、OTOS、PNLDC1、PSCA、RALA和SOX14，

第二组基因集包括：DCC、DHRS7C、ECHDC3、NKX2-6、RAB4A、SIGIRR、SYT12、TCTN1、WDR89、C6orf72和FLJ20184；

所述血细胞组分包括T细胞比例、B细胞比例、NK细胞比例、淋巴细胞比例、单核细胞比例、粒细胞比例、CD4阳性细胞比例、CD8阳性细胞比例；

计算模块，用于基于所述两组基因集中各基因的甲基化特征值和血细胞组分，进行乳腺癌风险预测。

6.根据权利要求5所述的装置，所述甲基化位点包括基因区域的甲基化位点，优选还包括启动子区域的甲基化位点，例如，所述第一组基因集的DNA甲基化位点如表2所示；所述第二组基因集的DNA甲基化位点如表4所示。

7.根据权利要求5或6所述的装置，每个基因的甲基化特征值包括其基因体区位点的甲基化水平或它们均值，或者其基因体区位点的甲基化水平的均值与其启动子区位点的甲基化水平的均值的差值或SIMPO值，例如，

用甲基化抑郁指数进行乳腺癌风险预测，所述甲基化抑郁指数mDI通过下式进行计算：

其中为第一组基因集的甲基化特征值的均值，为第二组基因集的甲基化特征值的均值，为第一组基因集的甲基化特征值的方差，为第二组基因集的甲基化特征值的方差，n为第一组基因集的基因数量，m为第二组基因集的基因数量。