[发明专利]与油茶种子油中软脂酸含量相关的DNA片段、其紧密连锁的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及油茶分子标记及遗传育种技术领域，具体涉及与油茶种子油中软脂酸含量相关的DNA片段、其紧密连锁的SNP分子标记及其应用。本发明提供与油茶种子油中软脂酸含量相关的DNA片段，其为位于油茶连锁图谱LG11的167.343cM处的rzs.11‑2。本发明还提供与油茶种子油中软脂酸含量紧密连锁的SNP分子标记，其包括SNP分子标记Chr11_39972457，含有如SEQ ID NO.1所示序列第240位的多态性为C/A的核苷酸序列。该分子标记可以解释11.5％的油茶种子油脂中软脂酸含量的表型方差。通过检测所述的SNP分子标记，可在苗期进行鉴定和辅助筛选，大大节约生产成本和提高油茶油脂性状选择育种的选择效率。

技术领域

本发明涉及油茶分子标记及遗传育种技术领域，具体涉及与油茶种子油中软脂酸含量相关的DNA片段、其紧密连锁的SNP分子标记及其应用。

背景技术

油茶(Camellia oleifera)作为四大油料(油菜、花生、大豆和油茶)之一，在亚热带地区广泛种植，种植面积达6500万亩以上。油茶籽油不饱和脂肪酸含量达90％以上，且富含角鲨烯、维生素E等营养成分，是一种优质的食用油，被称为“东方橄榄油”。选育高产(油)质优的油茶优良品种一直是油茶产业健康发展的基础和保障。一直以来，以选择和杂交育种为主要手段的油茶育种工作取得了长足的进展，但油茶的常规育种周期长，新品种选育缓慢，良种选育速度还不能满足产业发展的需求，这已成为限制油茶产业发展的重要因素之一。

相比于传统育种技术，分子标记辅助育种可从苗期开始选择，大幅缩短育种的周期，对以果实为主要目的的经济林育种优势尤其明显。分子标记辅助育种离不开有效的分子标记，因此，开发与油茶油脂中脂肪酸含量相关的分子标记，对于油茶油脂品质的分子标记辅助育种及相关性状的遗传改良具有重要意义。

发明内容

本发明的目的之一在于提供一种与油茶种子油脂中软脂酸含量相关的DNA片段及与其紧密连锁的分子标记，本发明的另一目的是提供所述分子标记在油茶软脂酸含量表型鉴定和育种中的应用。

本发明提供的与油茶种子油脂中软脂酸含量相关的DNA片段及与其紧密连锁的分子标记的开发是基于已建立的油茶F1代杂交群体，开展高密度遗传连锁图构建和软脂酸含量性状的QTL定位实现的。油茶的简化基因组序列为本发明标记开发的区域。

本发明中关键DNA片段(基因位点)及连锁的SNP分子标记的开发过程基本如下：

(1)对软脂酸含量差异显著的油茶无性系长林53号(8.40％)和长林81号(9.73％)控制授粉，创制软脂酸含量广泛分离的油茶F1代杂交群体。

(2)采集杂交群体180个单株的完全成熟种子，测定油脂中软脂酸含量。其操作步骤如下：

1)取适量油茶种子用烤箱80℃烘烤过夜至恒重，剥去硬种皮。

2)种仁用粉碎机粉碎后，用中速滤纸包好，加入适量石油醚浸泡抽提过夜。

3)待石油醚完全挥发后，利用Agilent 6890N气相色谱仪按照GB/T17376-2008、GB/T17377-2008方法测定脂肪酸成分及含量。

脂肪酸成分含量测定结果表明：F1群体种子油中软脂酸含量呈正态分布，说明该性状具有数量性状特点。

(3)采集杂交群体180个单株及两个亲本的幼嫩叶片，采用TaKaRa MiniBEST植物基因组DNA提取试剂盒(TaKaRa,Dalian,China)提取DNA，利用EcoRI和NlaIII(Hin1II)双酶切后每样本分别构建简化基因组(ddRAD)测序文库，利用Illumina HiSeqXten平台测序。