[发明专利]一种烟草青枯病的SNP分子标记、其获得方法及其应用

说明书

本发明公开了一种烟草青枯病的SNP分子标记、其获得方法及其应用，烟草青枯病的SNP分子标记，序列为SEQ ID NO.1，SNP分子标记的序列自5’端起第234位碱基为SNP位点n；n为A或G；SNP分子标记用于烟草青枯病抗性的检测：对待检烟草样本DNA进行PCR扩增；扩增产物经XhoΙ酶切后进行电泳，产生362bp和231bp两条带为抗病纯合植株，产生593bp、362bp和231bp三条带为抗病杂合植株，产生593bp一条带为感病纯合植株；SNP分子标记，可在植株营养生长早期鉴别其抗性，因而可直接用于烟草抗青枯病辅助育种工作。

技术领域

本发明涉及一种烟草青枯病的SNP分子标记、其获得方法及其应用，属于分子生物学技术领域。

背景技术

青枯病是一种由青枯菌引起的细菌性病害，是典型的维管束病害，一旦发病会导致作物全株枯萎死亡，给农业生产造成毁灭性打击。烟草青枯病在我国南方各大烟区广泛影响烟草生长，严重导致烟叶产量和品质下降，是目前烟草种植最重要的病害之一。但迄今仍未找到有效的防治方法。

烟草青枯病抗性属于数量性状遗传，受多基因共同控制，且易受到环境影响，所以传统地常规育种效率低下。烟草工业生产过程中，涉及的配方及工艺流程，一般不会轻易发生改变。因此，在不改变主栽品种基本农艺性状的前提下，需要对主栽品种的抗青枯病性状进行定向改良，避免后期影响工业生产流程，提升效益。选育青枯病品种，首先要有良好的抗源，目前青枯病抗源来源十分狭窄，现今国内烟草青枯病的抗源主要是从普通烟草品种Ti448（美国发现抗源品种）选育而来，但其抗性仍不稳定，需要进一步的研究。

发明内容

为了克服现有技术的不足，本发明的第一个目的在于提供一种烟草青枯病的SNP分子标记，可在植株营养生长早期鉴别其抗性，因而可直接用于烟草抗青枯病辅助育种工作。

本发明的第二个目的在于提供上述烟草青枯病的SNP分子标记的获得方法，采用新的品种作为抗源，丰富青枯病的抗性遗传基础，加快抗青枯病新基因在抗病育种中的转移和利用。

本发明的第三个目的在于提供一种引物。

本发明的第四个目的在于提供上述烟草青枯病的SNP分子标记的应用，该标记完全基于与青枯病性状共分离，用其检测不存在假阳性的问题。

实现本发明的第一个目的可以通过采取如下技术方案达到：一种烟草青枯病的SNP分子标记，SNP分子标记的序列为SEQ ID NO.1，SNP分子标记的序列自5’端起第234位碱基为SNP位点n；n为A或G。

实现本发明的第二个目的可以通过采取如下技术方案达到：一种烟草青枯病的SNP分子标记的获得方法，包括：

材料选择步骤：烟草品种GDSY为抗源，以烤烟品种K326或云烟87为受体，得到F1后，通过连续回交与表型选择相结合的方法构建抗病近等基因系群体；

酶切位点识别步骤：采用BSA分析法进行青枯病抗性基因的定位工作，将候选基因定位在14.6Mb区间内，筛选均匀分布的150个SNP位点，位点间平均距离100Kb，设计引物并采用多重PCR进行扩增与测序验证，根据基因型结果和表型进行关联分析，区间里含有唯一候选SNP位点落入生长素转运蛋白基因的外显子区域，造成氨基酸的非同义突变，得到SNP分子标记，序列为SEQ ID NO.1；SNP分子标记自5’端起第234位碱基为SNP位点n，为Xho Ι酶切位点，n为A或G。

进一步地，抗病近等基因系群体中选用烟草的幼嫩叶片进行DNA提取，然后进行BSA分析法。

实现本发明的第三个目的可以通过采取如下技术方案达到：一种引物，引物用于烟草青枯病抗性的检测；