[发明专利]与油茶种子出仁率相关的DNA片段、SNP分子标记及其应用

权利要求书

1.与油茶种子出仁率相关的DNA片段，其特征在于，其为位于油茶连锁图谱4号连锁群136.704cM处的rkf.04-1。

2.与油茶种子出仁率位点紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，包括SNP分子标记chr04-77743434，所述SNP分子标记chr04-77743434含有如SEQ ID NO.1所示序列第164位的多态性为G/T的核苷酸序列。

3.根据权利要求2所述的SNP分子标记，其特征在于，由序列如SEQ ID NO.2-3所示的引物对以油茶基因组DNA为模板经PCR扩增获得。

4.根据权利要求2或3所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记chr04-77743434中，具有所述多态性的位点的基因型为G/G，对应于高出仁率；基因型为G/T，对应于低出仁率。

5.用于扩增权利要求2～4中任一项所述的SNP分子标记的引物。

6.根据权利要求5所述的引物，其特征在于，包括序列如SEQ ID NO.2-3所示的引物。

7.含有权利要求5或6所述的引物的试剂或试剂盒。

8.权利要求1所述的DNA片段或权利要求2～4中任一项所述的SNP分子标记或权利要求5或6所述的引物或权利要求7所述的试剂或试剂盒的以下任一种应用：

(1)在鉴定油茶种子出仁率表型中的应用；

(2)在油茶种子出仁率改良或油茶种子出仁率分子标记辅助育种中的应用；

(3)在油茶种子出仁率的早期预测中的应用；

(4)在筛选高出仁率油茶中的应用。

9.一种鉴定油茶种子出仁率表型或筛选高种子出仁率油茶的方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)提取待鉴定油茶的基因组DNA；

(2)以基因组DNA为模板，利用序列如SEQ ID NO.2-3所示的引物进行PCR扩增；

(3)分析PCR扩增产物中权利要求2～4中任一项所述的SNP分子标记的基因型，根据所述基因型判断待鉴定油茶种子出仁率表型；

优选地，步骤(2)中，所述PCR扩增的反应程序为：94～95℃，3～5min；94～95℃，15～30s，65～69℃，40～60s，38～45个循环；67～70℃，3～6min。

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，步骤(3)中，所述判断待鉴定油茶种子出仁率表型的方法为：

若SNP分子标记Chr04-77743434具有所述多态性的位点的基因型为G/G，则待鉴定油茶为高出仁率；若基因型为G/T，则待鉴定油茶为低出仁率。