[发明专利]与油茶种子出仁率相关的DNA片段、SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及油茶分子生物学及遗传育种技术领域，具体涉及与油茶种子出仁率相关的DNA片段、SNP分子标记及其应用。所述DNA片段为位于油茶连锁图谱4号连锁群136.704cM处的rkf.04‑1，所述SNP分子标记包括SNP分子标记chr04‑77743434，所述SNP分子标记chr04‑77743434含有如SEQ ID NO.1所示序列第164位的多态性为G/T的核苷酸序列，其可以解释15.1％的油茶种子出仁率的表型方差。通过检测所述的SNP分子标记，可在苗期进行鉴定和辅助筛选，大大节约生产成本，显著提高油茶种子出仁率选择育种的选择效率。

技术领域

本发明涉及油茶分子生物学及遗传育种技术领域，具体涉及与油茶种子出仁率相关的DNA片段、SNP分子标记及其应用。

背景技术

油茶(Camellia oleifera)作为我国四大油料(油菜、花生、大豆和油茶)之一，在我国亚热带地区广泛种植。油茶籽油不饱和脂肪酸含量达90％以上，且富含角鲨烯、维生素E等营养成分，是一种优质的食用油，被称为“东方橄榄油”。选育高产(油)质优的油茶优良品种一直是油茶产业健康发展的基础和保障。一直以来，以选择和杂交育种为主要手段的油茶育种工作取得了长足的进展，但油茶的常规育种周期长，新品种选育缓慢，良种选育速度还不能满足产业发展的需求，这已成为限制油茶产业发展的重要因素之一。

相比于传统育种技术，分子标记辅助育种可从苗期开始选择，大幅缩短育种的周期，对以果实为主要目的的经济林育种优势尤其明显。分子标记辅助育种离不开有效的分子标记，因此，开发与油茶果实产量、种子出仁率、种仁含油率、油脂品质表型相关的分子标记，对于油茶油脂产量和品质的分子标记辅助育种及相关性状的遗传改良具有重要意义。

果实产量、鲜果出籽率、种子出仁率、种仁含油率等指标直接决定单位面积油茶产(油)量。因此，开展油茶种子出仁率研究，是提高油茶产量的重要途径之一，对油茶产业的提升和健康发展具有十分重要的意义。

发明内容

本发明的目的之一在于提供一种油茶种子出仁率基因位点及该基因位点紧密连锁的分子标记，本发明的另一目的是提供所述分子标记在油茶高出仁率表型鉴定和育种中的应用。

本发明提供的油茶种子出仁率基因位点及该基因位点紧密连锁的分子标记的开发是基于已建立的油茶F1代杂交群体，开展高密度遗传连锁图构建和出仁率性状的QTL定位实现的。油茶的简化基因组序列为本发明标记开发的区域。

本发明中关键基因位点及连锁的SNP分子标记的开发过程基本如下：

(1)种子出仁率差异显著的油茶无性系长林53号(47.66％)和长林81号(58.14％)控制授粉，创制种子出仁率广泛分离的油茶F1代杂交群体。

(2)采集杂交群体180个单株的完全成熟种子，测定种子出仁率。

(3)采集杂交群体180个单株及两个亲本的幼嫩叶片，采用TaKaRa MiniBEST植物基因组DNA提取试剂盒(TaKaRa,Dalian,China)提取DNA，利用EcoRI和NlaIII(Hin1II)双酶切后每样本分别构建简化基因组(ddRAD)测序文库，利用Illumina HiSeqXten平台测序。

(4)以二倍体油茶基因组为参考序列，分析(3)中获得的180个样本及2个亲本简化基因组的SNP位点。SNP数据根据以下原则过滤：亲本测序深度≥10X，子代测序深度≥8X；基因型缺失率≤30％；SNP质量值≥30。过程中用到软件BWA是公开免费的。

(5)运用Joinmap4.0软件进行连锁图谱构建，参数设置为：Rec≤0.4，LOD≥3.0，Jump＝5，作图函数使用Kosambi；分析连锁群内标记的排列顺序，计算相邻标记间的遗传距离。