[发明专利]一种捕获cfDNA5mC片段的检测方法

说明书

本发明公开了一种捕获cfDNA5mC片段的检测方法，包括以下步骤：步骤一：准备试剂；步骤二：制备Incubation Mix，在4℃下操作；步骤三：抗体Antibody稀释1：15，抗体放置在‑80℃，0.5ul抗体+7.5ulH2O(过量)，抗体用完后及时放回‑80℃；步骤四：Antibody Mix制备，过量，2个样品一般制备3个的量；步骤五：Incubation Mix+Antibody Mix混合，4℃转速40旋转孵育过夜，17h；步骤六：Ipure Kit v2试剂准备。该种捕获cfDNA5mC片段的检测方法，胞嘧啶第五碳的甲基化(5‑甲基胞嘧啶：5mC)是最早在真核生物中被挖掘出的甲基化类型，在基因表达中，转录起始位点区域通常是非甲基化的，而在基因较低水平表达时，调控区域的胞嘧啶甲基化水平较高，不同起始量和不同方法所产生的文库相关性，是评估一致性和高性能的有效参数。

技术领域

本发明涉及捕获cfDNA5mC片段技术领域，具体为一种捕获cfDNA5mC片段的检测方法。

背景技术

5-羟甲基胞嘧啶5-hydroxymethylcytosine的分子式是C5H7N3O2，是5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)的羟基化形式，5-羟甲基胞嘧啶是TET家族的酶通过氧化5-甲基胞嘧啶(5-mC)产生的，被称为“第六种碱基”，可以调控基因表达的关闭，是一种重要的表观遗传修饰，可能与去甲基化过程有关，5-羟甲基胞嘧啶的具体作用机制还不明确。

基因组中检测5-甲基胞嘧啶(5mC)是至关重要的，甲基化修饰会影响基因的表达。通常，转录起始位点附近的低甲基化水平与较高的转录水平有关，而调节区域内高水平胞嘧啶修饰的基因则出现较低转录水平。完整和准确的甲基化图谱分析在许多领域都很重要：包括癌症等疾病的研究、胚胎发育监测和农业植物研究。然而，现有的甲基化图谱分析技术存在明显的缺陷，因此我们对此做出改进，提出一种捕获cfDNA5mC片段的检测方法。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明提供了如下的技术方案：

本发明一种捕获cfDNA5mC片段的检测方法，包括以下步骤：

步骤一：准备试剂；

步骤二：制备Incubation Mix，在4℃下操作；

步骤三：抗体Antibody稀释1：15，抗体放置在-80℃，0.5ul抗体+7.5ulH2O(过量)，抗体用完后及时放回-80℃；

步骤四：Antibody Mix制备，过量，2个样品一般制备3个的量；

步骤五：Incubation Mix+Antibody Mix混合，4℃转速40旋转孵育过夜，17h；

步骤六：Ipure Kit v2试剂准备；

步骤七：DNA洗涤，洗涤过程中，磁力架和wash buffer要及时放回冰上；

步骤八：Ipure kit V2试剂盒洗脱并纯化DNA，转速均用40rpm；

步骤九：XP磁珠纯化。

作为本发明的一种优选技术方案，所述步骤一中，试剂准备过程包括：

S1：配置1*MagbufferA，选择5*MagbufferA和H20按1:4稀释，一个文库需要的buffer量(过量的)，多个文库时依次倍增；

S2：准备磁珠，室温操作，每个样品取11ul磁珠，用22ul的1*MagbufferA洗涤两次后，再用22ul的1*MagbufferA将其重悬，样品增加时，磁珠量依次倍增。