[发明专利]用于山桐子遗传资源分析的SSR标记引物组及其应用

说明书

本发明公开了用于山桐子遗传资源分析的SSR标记引物组及其应用，基于山桐子SLAF简化基因组测序数据库，在多态性的SLAF标签中识别SSR位点，通过在SSR两端设计特异引物，经过PCR扩增，筛选到6对多态性和稳定性较好的引物；进一步利用上述的6对引物对24份山桐子品种资源进行了亲缘关系分析，证实所述SSR标记重复性和多态性较高，可用于山桐子遗传多样性分析和亲缘关系分析。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及用于山桐子遗传资源分析的SSR标记引物组及其应用。

背景技术

山桐子(Idesia polycarpa Maxim.)是杨柳科山桐子属乔木，其果实和种子含油率高，油料富含亚油酸等营养成分，是一种重要的木本油料树种。山桐子油可作为生物燃油的原料，经深加工后也可食用，具有良好的生态和经济价值。目前，山桐子已被国家和部分省份列为重点发展的木本油料植物，2020年国家卫生健康委员会将山桐子油纳入普通食品管理，山桐子产业和相关科研工作也得以快速发展。

山桐子分布广泛，主要生长于中国、朝鲜、日本和俄罗斯远东地区。在我国，山桐子野生资源主要分布于秦岭、淮河以南，在四川、陕西、湖南、湖北、浙江、江西、江苏、安徽、福建等省份均有分布，但数量稀少，呈零星分布。前人研究显示，长期的生态生殖隔离及地理种源的自然变异，天然分布的山桐子存在着广泛的群体间和群体内遗传变异，特别是产量性状变异范围最广，为山桐子资源遗传研究、开发利用和良种选育提供了广阔的前景。

目前关于山桐子遗传多样性的研究主要是利用表型性状标记如树高、叶片、花和果实等进行地理分布差异、种源和家系差异性及种质资源鉴定。在分子标记方面主要是利用ISSR(inter-simple sequence repeat，简单重复序列间区扩增多态性)进行分析。由于表型性状和ISSR分子标记在稳定性、特异性、可靠性等方面存在局限性，急需开发更高效的分子标记技术。SSR(simple sequence repeat，简单序列重复)分子标记在基因组中广泛存在，开发检测成本低，具有稳定性好、多态性高、共显性遗传等优点，在种质资源鉴定、遗传图谱构建、分子辅助育种等方面应用广泛。当前山桐子全基因组数据尚未公布，相关的遗传信息匮乏，在分子标记研究、遗传多样性分析和分子育种等方面研究较少。前人利用山桐子雌雄花表达谱测序拼接的Unigene开发了大量SSR分子标记，选择合成了100对引物进行初步分析，其中仅31对能扩增出特异条带，19对可以扩增出预期大小的条带，通用性和多态性并不高(李娜等，2017，基于山桐子转录组序列的SSR分子标记开发。)。究其原因，这些SSR标记理论上来自雌雄花表达基因，不能全面反映基因组的SSR分布情况。

SLAF-Seq(Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing，特异性位点扩增片段测序)是一种简化的基因组测序技术，采用适当的酶切方案，对基因组DNA进行酶切，对得到的酶切片段(SLAF标签)进行3’端加A处理、连接双向索引(Dual-index)测序接头，然后经过PCR扩增、纯化，选取目的片段构建文库进行高通量测序。SLAF-Seq可快速获取基因组遗传信息，目前在全基因组关联分析(GWAS)、遗传图谱构建和QTL定位、遗传进化分析、功能基因定位和分子育种应用较多。利用SLAF-seq开发SSR分子标记在红豆杉、苎麻等植物上有过成功的案例。因此，本发明基于山桐子SLAF-seq基因组测序数据，开发适用于山桐子遗传资源分析的SSR标记，可为山桐子遗传多样性分析、品种亲缘关系分析提供可靠的分子标记，具有重要的理论和实践价值。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术中山桐子基因组来源的SSR标记缺乏以及现有技术获得的SSR标记通用性较低的问题，提供一组源自山桐子基因组的SSR标记引物组，该引物组适用于山桐子遗传资源分析应用。

为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案：