[发明专利]一种鉴定棉花叶蜜腺性状的InDel标记引物及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定棉花叶蜜腺性状的InDel标记引物及其应用，所述InDel标记引物包括引物NEC1‑F和引物NEC1‑R，引物NEC1‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2，引物NEC1‑R的核苷酸序列SEQ ID NO.3所示。本发明以亚洲棉有叶蜜腺材料为父本，亚洲棉无叶蜜腺材料为母本，杂交得到F₁，使F₁自交得到F₂，并以确定叶蜜腺性状的F₁和F₂群体为样本，群体基因组混池重测序分析确定与叶蜜腺关联的候选区间，并利用perl脚本在信号区间内共开发InDel标记36对，经合成之后利用聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选，结果显示有1对InDel标记在有叶蜜腺和无叶蜜腺材料中表现出多态性，对应的NEC1‑F/NEC1‑R引物在有/无叶蜜腺棉花材料中表现出了紧密连锁的关系。

技术领域

本发明涉及一种鉴定棉花叶蜜腺性状的InDel标记引物及其应用，属于基因工程领域。

背景技术

蜜腺是一种分泌糖液的外分泌结构，分布于植物体外表的某些特定部位。其中，生长于花部的称为花蜜腺，如油菜花托上的蜜腺；生长于茎、叶、花梗等营养体部位上的，称为花外蜜腺，如棉花叶中脉上的蜜腺。棉花由于蜜腺多，蜜期长，蜜物多，易发生虫害。因此挖掘与棉花叶蜜腺性状相关的分子标记，提供方便快捷的棉花育种方法具有重要意义。

InDel标记是指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生不同大小核苷酸片段的插入或缺失，是同源序列比对产生空位的现象。InDel在基因组中分布广泛、密度大、数目众多，是用于提高育种实践的效率和精确度的一种强有力的基因组工具。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目的是提供一种鉴定棉花叶蜜腺性状的InDel标记引物，以及该InDel标记引物在鉴定有/无棉花叶蜜腺性状上的应用。

为了实现上述目的，本发明的技术方案是：

一种鉴定棉花叶蜜腺性状的InDel标记引物，包括引物NEC1-F和引物NEC1-R，引物NEC1-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2，引物NEC1-R的核苷酸序列SEQ ID NO.3所示。

一种InDel标记引物在棉花分子标记辅助育种中的应用。

一种InDel标记引物在选育棉花有/无叶蜜腺品种中的应用。

一种鉴定棉花叶蜜腺性状的方法，包括以下步骤：

（1）提取待测棉花的基因组DNA；

（2）以提取的DNA为模板，利用权利要求1所述引物进行PCR扩增；

（3）对PCR扩增产物进行电泳；

（4）根据电泳结果，鉴定棉花叶蜜腺性状。

PCR扩增的反应体系为：2×Gflex PCR Buffer（含Mg²⁺ dNTPs）25μl、10mM引物NEC1-F 2μl、10mM引物 NEC1-R 2μl、模板DNA（500ng/μl）1.5 μl、5U/μl TKS Gflex DNAPolymerase 1μl、H₂O 18.5 μl。

PCR扩增的反应程序为：94℃预变性10min；98℃变性20s，52℃退火25s，68℃延伸25s，运行35个循环；最后68℃延伸10min，4℃保存。

鉴定棉花叶蜜腺性状的标准为：当PCR扩增片段为一个，且片段大小为339bp，则待测棉花为有叶蜜腺材料；当PCR扩增片段为一个，且片段大小为344bp，则待测棉花为无叶蜜腺材料；当PCR扩增片段为两个，且片段大小分别为339bp和344bp，则待测棉花为有叶蜜腺材料。

一种鉴定棉花叶蜜腺性状的试剂盒，包括上述InDel标记引物。