[发明专利]一种基于花生基因组的InDel标记、引物组合和应用

说明书

本发明提供了一种检测InDel位点的试剂，所述试剂用于检测InDel位点1～100中的一个或几个。本发明利用花生Tifrunner和狮头企的基因组数据，通过生物信息学分析，获取基因组中的InDel位点信息，根据InDel位点设计、合成并电泳检测验证了100个InDel标记。开发的InDel标记具有扩增结果稳定、分辨率高、共显性、可通过多种方式检测的优点，进一步丰富了花生分子标记，可以广泛的应用于花生资源的遗传多样性分析、品种鉴定和保护、杂交后代鉴定、DNA指纹图谱及遗传连锁图谱的构建和重要性状定位等方面。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种基于花生基因组的InDel标记、引物组合和应用。

背景技术

栽培种花生(Arachis hypogaea)是我国主要的油料与经济作物之一，在保障我国食用油和植物蛋白供给，促进农民增收方面具有重要作用。2019年我国花生种植面积为463万公顷，产量1752万吨，占世界总产量的36％，种植业产值达1200亿元(https://data.stats.gov.cn/)，在国内大宗农作物中种植业产值仅次于水稻、小麦和玉米。

伴随着基因组学和分子生物学的发展，分子标记技术已经广泛的应用于种质资源遗传多样性、品种鉴定、种质资源遗多样性、遗传图谱构建、重要性状的QTL定位、基因挖掘和辅助育种中。由于花生基因组较大、结构复杂、遗传基础狭窄，已开发的分子标记如SSR标记，遗传多态性较低，数量还太少，限制了花生功能基因挖掘的进程和分子标记技术在育种中的应用。

随着高通量测序技术的快速发展，第三代单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失(InDel)标记逐渐成为应用最广泛的分子标记，在植物遗传育种研究中具有广阔的应用前景。植物基因组中包含着丰富的插入/缺失变异，利用这些变异开发的InDel标记具备共显性、易于检测、重复性好、成本低的特征。

目前，利用花生基因组信息开发的InDel标记的数量还十分有限。本发明利用花生基因组信息，鉴定其中的插入/缺失变异，开发易于检测的InDel标记，不仅丰富了花生分子标记，还可以广泛的应用于花生资源的遗传多样性分析、品种鉴定和保护、杂交后代鉴定、DNA指纹图谱及遗传连锁图谱的构建和重要性状定位等方面。

发明内容

本发明目的是为了克服现有技术的不足，提供了一种基于花生基因组的InDel标记、引物组合和应用。本发明利用花生Tifrunner和狮头企的基因组数据，通过生物信息学分析，检测两个品种基因组间的插入/缺失变异，获取基因组中的InDel位点信息，根据InDel位点设计、合成并电泳检测验证了100个InDel标记。开发的InDel标记具有扩增结果稳定、分辨率高、共显性、可通过多种方式进行检测的优点，可以广泛的应用于花生资源的遗传多样性分析、品种鉴定和保护、杂交后代鉴定、DNA指纹图谱及遗传连锁图谱的构建和重要性状定位等方面。

本发明的第一个目的是提供一种用于检测InDel位点的试剂。

本发明的第二个目的是提供一种用于扩增InDel位点的分子标记引物组合。

本发明的第三个目的是提供一种用于检测花生种质鉴定的指纹图谱的InDel分子标记基因型的引物组合。

本发明的第四个目的是提供一种用于检测InDel位点的基因芯片。

本发明的第五个目的是提供一种用于检测InDel位点的试剂盒。

本发明的第六个目的是提供检测InDel位点的试剂的应用。

本发明的第七个目的是提供扩增InDel位点的引物组合和/或用于种质鉴定的指纹图谱的引物组合的应用。

本发明的第八个目的是提供检测InDel位点的基因芯片的应用。

本发明的第九个目的是提供检测InDel位点的试剂盒的应用。