[发明专利]一种对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法

权利要求书

1.一种对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1：在整个模拟期间，每间隔预设时长在通量边界模型中导出一次所有双原子气体原子的轨迹文件，合并保存为dump.txt文件；

S2：对dump.txt文件进行预处理，仅保留保存数据时的计算步数、原子序号、原子种类和原子坐标，保存为dump.xlsx文件，将dump.xlsx文件以数值矩阵格式导入MATLAB程序中，命名为dump；

S3：在通量边界模型中导出所有分子的所有原子的轨迹文件，对导出的所有分子的所有原子的轨迹文件进行预处理，仅保留原子种类所在行，保存为atom.txt文件，将atom.txt文件以数值矩阵格式导入MATLAB程序中，命名为atom；

S4：通过文件dump内的原子坐标判断文件dump内的原子之间是否形成分子；若是，则标记形成分子的原子的序号、坐标，并保存在lh.txt文件中，将lh.txt文件以数值矩阵格式导入MATLAB程序中，命名为lh；若否，则不进行标记和保存；

S5：遍历文件lh中形成分子的每个原子序号，通过文件atom内与文件lh中的原子序号对应的原子在不同时刻的z轴坐标，判断每个时刻下文件atom内的原子与壁面的距离是否小于距离阈值；若是，则将文件atom内原子序号和该时刻下原子坐标保存在lh2.txt文件中；若否，则不保存；待遍历文件lh中的所有原子序号后，将lh2.txt文件以数值矩阵格式导入MATLAB程序中，命名为lh2；

S6：对于文件lh2中形成分子的所有原子均进行如下判断：

在文件lh2中获取形成某一分子的原子a与壁面的距离第一次小于距离阈值时的坐标，判断获取的原子a的坐标与文件lh2中保存的形成同一分子的原子b的所有坐标间的距离是否小于断裂阈值；若是，则原子a与原子b形成分子的机制为E-R机制；若否，则在文件lh2中获取原子b与壁面的距离第一次小于距离阈值时的坐标，判断获取的原子b的坐标与文件lh2中保存的原子a的所有坐标间的距离是否小于断裂阈值，若是，则原子a与原子b形成分子的机制为E-R机制，若否，则原子a与原子b形成分子的机制为L-H机制；

S7：统计通过E-R机制形成分子的个数和所有原子序号、以及通过L-H机制形成分子的个数和所有原子序号储存在lh3.txt文件中，得到所有双原子气体分子通过E-R机制和L-H机制重组的比例。

2.如权利要求1所述的对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法，其特征在于，步骤S4，通过文件dump内的原子坐标判断文件dump内的原子之间是否形成分子，具体包括：

通过文件dump内的原子坐标，计算文件dump内的原子之间的距离，判断文件dump内的原子之间的距离是否小于断裂阈值。

3.如权利要求1或2所述的对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法，其特征在于，步骤S1中，预设时长的范围为0.1ps～5ps。

4.如权利要求1或2所述的对反应分子动力学催化重组机制发生次数的统计方法，其特征在于，步骤S5中，阈值的范围为