[发明专利]小麦每穗小穗数及抗旱性状相关SNP位点及其应用

说明书

本发明公开了一种小麦每穗小穗数及抗旱性状相关SNP位点及其应用，包括用于鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及抗旱性状的试剂盒、引物、相关的分子标记，以及上述元素在鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及抗旱性状中的用途。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种和研究中具有重要意义。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种与小麦每穗小穗数及抗旱相关的SNP位点及其应用。

背景技术

小麦(Triticum aestivum L)是世界上最重要的粮食作物之一，在耕地面积减少和人口压力增大的情况下，提高小麦单产是我国育种家选育小麦品种的首要目标。亩穗数，穗粒数和粒重共同构成小麦产量三要素，在这三者中，由于穗粒数在不同品种之间存在着较大的变异且受遗传因素影响较大。因此，对穗粒数的遗传改良在小麦单产的提高中具有重要的作用(Flintham et al.,1997；Klepper et al.,1998)，而每穗小穗数则是穗粒数的关键影响因子。因此挖掘调控每穗小穗数的优异等位变异并开发功能标记，对提升我国小麦育种水平，满足对粮食持续增长的需求具有重要意义。

幼穗分化的二棱期是小麦每穗小穗数形成的关键时期。一般认为，从二棱期到顶端小穗分化这段时期，适当的低温能够延长小穗分化的时期，从而提高小穗数目(Petermanet al.,1985)。目前在其它物种中克隆了大量调控穗发育的基因。例如，拟南芥中调控茎顶端分生组织大小LATERAL ORGANBOUNDARIES DOMAIN12-1(LBD12-1)基因(Ma et al.,2017)；水稻种能够能够用于改良小穗数OsNAC10基因(Jeong et al.,2010)，能够协同胁迫及穗发育的DROUGHTAND SALTTOLERANCE(DST)基因(Huang et al.,2009；Li et al.,2013)。干旱原因导致的小麦减产已经远超其他环境灾害造成的小麦减产的总和(Houet.al.,2018；温辉芹等，2020)。明确小麦对干旱胁迫的应答机制，对于研究小麦的生理指标在干旱处理后的变化规律和提高小麦在干旱气候下的产量有重要意义。

尽管在其他物种中有了大量调控每穗小穗数和抗旱基因的报道，但在小麦中，只有关于调控每穗小穗数和抗旱的QTL被大量定位，而相关的调控基因除了WFZP,VRN1,FUL2和FUL3外之，其他关于调控每穗小穗数的基因并未过多报导。因此，在小麦中挖掘能够用于每穗小穗数改良的基因，并发掘优良变异是十分必要的。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种小麦每穗小穗数及抗旱性状相关SNP位点及其应用。

为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案如下。

一种试剂盒，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第2038位碱基。

作为本发明的一种优选技术方案，所述SNP位点处的核苷酸为A或G；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是乙。

一种引物，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述的SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第2038位碱基；所述SNP位点处的核苷酸为A或G；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是乙。

作为本发明的一种优选技术方案，所述引物为序列表中SEQ ID NO.2和SEQ IDNO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

一种分子标记，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端1947-2065位序列，和/或其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端1880-2199位序列。