[发明专利]一种对MDA单细胞全基因组扩增产物的质控方法

说明书

本发明公开了一种对MDA单细胞全基因组扩增产物的质控方法。在对MDA产物进行常规琼脂糖电泳分析其扩增效率和片段长度之后，通过一组管家基因的扩增效率，对MDA产物的可扩增性进行进一步的分析，从而提高下游遗传学检测的成功率和检测结果的可靠性、准确性，降低因模板DNA质量问题导致检测失败造成的经济损失。

【技术领域】

本发明属于基因工程技术领域，涉及一种对MDA单细胞全基因组扩增产物的质控方法。

【背景技术】

胚胎植入前遗传学检测技术(Preimplatation genetic testing,PGT)，俗称“第三代试管婴儿技术”，是指在体外受精的胚胎移入子宫前，通过显微操作技术获取少量细胞，然后采用PCR、基因芯片(Chromosomal microarray analysis,CMA)或高通量测序技术(Next-generation sequencing,NGS)对其进行遗传学分析，以排除携带致病性遗传性疾病或染色体异常的胚胎，选择正常的胚胎移植入子宫的技术，从而阻断变异基因在家族中的传播，有效地防止遗传性出生缺失儿的出生。但是，基因芯片和NGS的检测需要大量的遗传物质，而PGT所获取的样本细胞一般只有1个卵裂球细胞或者囊胚期3-7个滋养层细胞，遗传物质少，无法满足下游对基因病和染色体异常的检测需求。所以，需要在体外将这种特殊类型的样本细胞进行全基因组扩增，以获得大量高覆盖率的基因组，该方法即所谓的单细胞全基因组扩增技术(Whole-genome amplification,WGA)。

WGA技术根据方法原理不同，主要分为两种类型：一是基于热循环、以PCR为基础的扩增技术，如简并寡核苷酸引物PCR(DOP-PCR)、连接反应介导的PCR(LM-PCR)、扩增前引物延伸反应(PEP)以及多次退火环状循环扩增技术(MALBAC)等；另一种是基于等温反应、不以PCR为基础的扩增技术，如多重置换扩增(MDA)和基于引物酶的全基因组扩增(pWGA)。目前，扩增效率、基因组覆盖度以及扩增均一性较好，且广泛应用于临床的方法是MDA和MALBAC。这两种WGA的方法各有优缺点：1、MDA可以扩增出较长的DNA片段(2000bp以上)，但是其扩增基因组的均一性不太理想，即存在某些区域DNA指数扩增的问题。MDA扩增产物适合用于基于PCR(GAP-PCR)和基因芯片(SNP单倍型分析)等技术对点突变和大片段缺失、重复的诊断，但对基因组拷贝数变异的检测效果较差；2、MALBAC扩增出来的产物可较均一的覆盖整个基因组，但是产物片段长度较短(约300-700bp)，适合用于基于PCR和NGS等技术对点突变和染色体拷贝数变异的分析。因为基因芯片平台需要依赖于较长的DNA片段，所以用基因芯片进行检测时，需要用MDA进行扩增；NGS平台在建库时需要将基因组打断成300bp左右的片段，对基因组的长度要求不高，故MALBAC的扩增产物适合用NGS来检测。