[发明专利]一种单碱基延伸引物组及维生素A代谢相关基因多态性的检测方法

说明书

本申请涉及基因检测的技术领域，具体公开了一种单碱基延伸引物组及维生素A代谢相关基因多态性的检测方法。单碱基延伸引物组至少包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑15所示引物的一条；其检测方法包括以下步骤：分别设计多重PCR扩增引物组和单碱基延伸引物组后，以多重PCR扩增引物组为引物进行PCR扩增后，进行酶消化反应；随后加入单碱基延伸引物组进行单碱基延伸反应；最后将单碱基延伸产物纯化后进行质谱检测，获得待测标本的维生素A相关基因的多态性。本申请的检测方法具有高通量检测基因多态性位点的优点。

技术领域

本申请涉及基因检测的技术领域，更具体地说，它涉及一种单碱基延伸引物组及维生素A代谢相关基因多态性的检测方法。

背景技术

基因缺陷导致维生素的吸收利用能力低下是出现维生素缺乏的重要原因，维生素的吸收利用能力低下可以由大量摄取所需维生素来代偿。但是在不知道自身维生素吸收利用能力低的情况下，往往不能有针对性地补充所需维生素；进而反复出现维生素缺乏的症状：如在光线昏暗的环境中出现眼睛适应慢，如嘴唇、皮肤易干燥，如手部长倒刺等；这些不良症状都可能是因为维生素缺乏。而长期处于维生素缺乏状态会导致不可逆的伤害或更严重疾病。

目前，维生素A的代谢相关基因是相对明确的，人们可以通过合理的基因检测来帮助了解自己维生素A的代谢情况。常采用PCR测序法来检测多个基因/位点的基因多态性。在该检测过程中，现有的检测方法所选用的扩增引物，存在特异性不高的问题。且现有的检测方法，一次只能检测一个基因/位点的基因多态性类型，使得该检测方法存在检测周期长、通量低的问题，最终导致检测效率低。

发明内容

为了提高检测维生素A代谢相关基因多态性时，单碱基延伸过程的延伸特异性和效率，本申请提供了一种单碱基延伸引物组；为了进一步提高检测多个维生素A代谢相关基因多态性时的检测通量和检测效率，本申请提供了一种维生素A代谢相关基因多态性的检测方法。

第一方面，本申请提供一种单碱基延伸引物组，采用如下的技术方案：

一种单碱基延伸引物组，包括以下单碱基延伸引物的至少一条：

用于维生素A代谢相关的BCO1基因的单碱基延伸的引物EP-1、引物EP-2、引物EP-3、引物EP-4、引物EP-5、引物EP-6和引物EP-7，引物EP-1、引物EP-2、引物EP-3、引物EP-4、引物EP-5、引物EP-6和引物EP-7的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-7所示；

用于维生素A代谢相关的RBP4基因的单碱基延伸的引物EP-8、引物EP-9、引物EP-10和引物EP-11，引物EP-8、引物EP-9、引物EP-10和引物EP-11的核苷酸序列分别如SEQ IDNO.8-11所示；

用于维生素A代谢相关的FFAR4基因的单碱基延伸的引物EP-12，引物EP-12的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示；

用于维生素A代谢相关的PKD1L2基因的单碱基延伸的引物EP-13，引物EP-13的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示；

用于维生素A代谢相关的PNPLA3基因的单碱基延伸的引物EP-14，引物EP-14的核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示；

用于维生素A代谢相关的TTR基因的单碱基延伸的引物EP-15，引物EP-15的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示。

通过采用上述技术方案，设计出延伸特异性优异的单碱基延伸引物，能够有效改善现有的单碱基延伸引物特异性不高的问题。特异性高的单碱基延伸引物能够进一步提高延伸效率，使得检测结果更加准确高效。此外，将该单碱基延伸引物或单碱基延伸引物组用于维生素A代谢相关基因多态性的检测时，其具有使得检测方法准确性高且检测效率高的优势。