[发明专利]检测HLA-A基因SNP标记rs1136697-G的PCR扩增引物、试剂盒及方法

说明书

本发明公开了一种检测HLA‑A基因SNP标记rs1136697‑G的PCR扩增引物，包括上游引物rs113‑SF2和下游rs113‑REV1，rs113‑SF2：5’‑CACACCgTCCAgAggATgAg‑3’；rs113‑REV1：5’‑TgCgCTgCAgCgTCTCCTT‑3’。还公开了相应的试剂盒及检测方法，既可特异性检测HLA‑A基因SNPrs1136697‑G，又可作为内参照，只用一对PCR引物就能实现对PCR‑SSP的检测，扩增过程快速、结果准确，避免出现假阳性、假阴性结果，可用于HLA基因SNPrs1136697‑G分型、鼻咽癌易感标记检测和高危人群筛查与预警等领域。

技术领域

本发明属于鼻咽癌易感标记检测领域，尤其涉及一种用于检测HLA-A基因SNP标记rs1136697-G的PCR扩增引物、试剂盒及检测HLA-A基因SNP标记rs1136697-G的方法。

背景技术

HLA-A基因SNP标记rs1136697-G近期已被证实为中国南方人群鼻咽癌的一个重要的遗传易感标记(OR(95％CI)＝1.79(1.54–2.09),P0.0001)。现有人类白细胞抗原(HLA)基因分型技术均基于聚合酶链式反应(PCR)，其中PCR-SSP(Sequence specific priming,序列特异性引物技术)因具有快速、实验操作简洁的特点，被广泛应用。该技术利用了PCR扩增很大程度上依赖引物3’末端与待测序列的互补性这一原理，但现有的PCR-SSP技术至少需要设计2对PCR引物，除特异性引物外，另有一对为内参照引物，由于内参照引物与特异性引物在同一PCR体系内扩增，彼此间存在相互竞争与干扰，需反复优化实验参数和各组分浓度，可出现结果难以判定乃至假阳性、假阴性结果。

因此，开发一套既能检测HLA靶基因SNP标记、又可同时作为内参照的PCR引物具有十分重要的意义。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是，克服以上背景技术中提到的不足和缺陷，以鼻咽癌易感标记之一——HLA-A基因SNP rs1136697-G为研究对象，研发一种既能检测靶标记、又可同时作为内参照的PCR扩增引物、试剂盒及检测HLA-A基因SNP标记rs1136697-G的方法。

为解决上述技术问题，本发明提出的技术方案为：

一种检测HLA-A基因SNP标记rs1136697-G的PCR扩增引物，包括上游引物rs113-SF2和下游rs113-REV1，其碱基序列如下：

rs113-SF2：5’-CACACCgTCCAgAggATgAg-3’(由SEQ ID NO:1所示)；

rs113-REV1：5’-TgCgCTgCAgCgTCTCCTT-3’(由SEQ ID NO:2所示)。

该PCR扩增引物是在HLA-A基因第3外显子设计的一套PCR引物，通过在上游引物3’末端第2位碱基人为引入错配特异性扩增rs1136697-G，PCR产物长度为268bp；该引物对并识别人类血管生成素(ANG)基因保守区域，PCR产物扩增长度为360bp，可作为PCR反应的内参照。该PCR扩增引物既可检测HLA基因SNP标记，同时又可作为内参照，扩增过程快速、结果准确。

基于一个总的发明构思，本发明还提供一种试剂盒，包含SEQ ID NO:1-2所述的PCR扩增引物。

上述的HLA-A基因的试剂盒，进一步的，包含：1.3pmole上游引物rs113-SF2、1.3pmole下游引物rs113-REV1、5μL 2×Taq MastMix和ddH₂O。

基于一个总的发明构思，本发明还提供一种检测HLA-A基因SNP标记rs1136697-G的方法，包括如下步骤：

(1)提取样本DNA；