[发明专利]疾病的检测和治疗以及用于传送测试结果的系统和方法

说明书

本公开提供了用于生成并施加治疗干预的方法等。该方法包括，例如，(a)对来自受试者的癌细胞的多核苷酸进行测序；(b)鉴别并定量该多核苷酸中的体细胞突变；(c)产生受试者中的肿瘤异质性谱，该谱指示该多核苷酸中多种体细胞突变的存在和相对量，其中不同的相对量指示肿瘤异质性；以及(d)确定用于表现出该肿瘤异质性的癌症的治疗干预，其中该治疗干预对于具有所确定的肿瘤异质性谱的癌症是有效的。

本申请是申请日为2015年12月28日、申请号为201580077268.8、发明名称为“表现出病变细胞异质性的疾病的检测和治疗以及用于传送测试结果的系统和方法”的中国专利申请(其对应PCT申请的申请日为2015年12月28日、申请号为PCT/US2015/067717)的分案申请。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2014年12月31日提交的第62/098,426号美国临时申请和于2015年5月1日提交的第62/155,763号美国临时申请的权益，所述申请中的每一个均通过引用而全文并入本文。

背景技术

医疗保健目前刚开始有效地使用来自人类基因组的信息来诊断并治疗疾病。没有任何事比治疗癌症更重要，美国每年有760万人死于癌症，并且美国每年在治疗癌症上花费870亿美元。癌症是指特征在于易于侵入周围组织并转移到新身体部位的退行发育细胞的增殖的各种恶性肿瘤以及特征在于此类生长的病理状况的任何病症。

癌症难以治疗的原因之一是目前的测试方法可能无法帮助医生将具体的癌症与有效的药物治疗相匹配。并且它是活动的目标——癌细胞不断变化及突变。癌症可通过例如体细胞突变来积累遗传变体。这样的变体包括例如序列变体和拷贝数变体。肿瘤分析已经表明，肿瘤中的不同细胞可携带不同的遗传变体。肿瘤细胞之间这样的差异被称为肿瘤异质性。

癌症可随时间推移而演化，变得对治疗干预具有抗性。已知某些变体与对特定治疗干预的反应性或抗性相关。对于表现出肿瘤异质性的癌症的更有效治疗将是有益的。可用癌症对之响应的第二种不同的治疗干预来治疗这样的癌症。

DNA测序方法允许检测来自肿瘤细胞的DNA中的遗传变体。癌症肿瘤不断将其独特的基因组物质释放入血流。遗憾的是，这些警示性的基因组“信号”非常弱，以至于目前的基因组分析技术(包括新一代测序)可能只能偶尔或在具有末期高肿瘤负荷的患者中检测到这样的信号。其主要原因是这类技术受到错误率和偏差的困扰，所述错误率和偏差要比可靠地检测与癌症相关的从头基因组改变所需要的高几个数量级。

在类似的趋势下，为了了解遗传测试的临床意义，治疗专业人员必须具有基因遗传的基本原理的应用知识以及对概率数据进行解释的合理工具。一些研究表明，许多治疗专业人员对于解释疾病易感性的遗传测试尚未作好足够的准备。一些医生难以解释与诊断测试的临床应用相关的概率数据，诸如实验室测试的阳性或阴性预测值。

检测与癌症相关的从头基因组改变中的错误率和偏差以及对癌症的遗传测试不足的解释或暗示降低了对于癌症患者的护理质量。专业团体如美国病理学家协会(Collegeof American Pathologists)(CAP)和美国医学遗传学协会(American College ofMedical Genetics)(ACMG)已经公布了对于提供遗传测试的实验室的标准或指南，其要求含有遗传信息的报告包括全科医师可理解的说明性内容。

发明内容