[发明专利]新型冠状病毒德尔塔突变株的检测方法及核酸检测试剂盒

说明书

本发明公开了新型冠状病毒德尔塔突变株的检测方法及核酸检测试剂盒，本发明以上述新型冠状病毒德尔塔(Delta)突变株的S基因和ORF1ab基因区域作为扩增靶区域，通过设计筛选特异性引物，建立了可检测新型冠状病毒德尔塔突变株的检测方法和检测试剂盒。所述新型冠状病毒德尔塔突变株的检测方法与传统的病毒鉴定方法相比，具有特异性强，灵敏度高，操作便捷，检测快速、准确等优势，可用于实际样本中新型冠状病毒德尔塔突变株的定性检测。

技术领域

本发明属于呼吸道疾病检测技术领域。更具体地，涉及新型冠状病毒德尔塔(Delta)突变株的检测组合物、检测方法及核酸检测试剂盒(PCR-荧光探针法)。

背景技术

冠状病毒(coronaviruses，CoV)属于冠状病毒科，正冠状病毒亚科的冠状病毒属。冠状病毒基因组为单股正链RNA，大小27 000～32 000bp，是所有RNA病毒基因组中最大的。基因组由5′-端非编码区、非结构蛋白ORF1a/b编码区、4种主要结构蛋白编码区以及3′-端非编码区组成。结构蛋白编码区主要编码刺突蛋白(spike protein，S蛋白)、包膜蛋白(envelope protein，E蛋白)、膜蛋白(membrane protein，M蛋白)和核衣壳蛋白(nucleocapsid protein，N蛋白)。S蛋白含有受体结合区域(receptor binding domain，RBD)，能特异性结合宿主细胞表面受体，介导病毒进入宿主细胞。

2019新型冠状病毒(2019-nCoV)所引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)已形成全球大流行的趋势。COVID-19临床表现以发热、乏力、干咳为主要表现。少数患者伴有鼻塞、流涕、腹泻等症状。部分患者仅表现为低热、轻微乏力等，无肺炎表现，多在1周后恢复。多数患者预后良好，感染严重者可导致肺炎、严重畸形呼吸综合征、肾衰竭，更有甚者可导致死亡。

随着新型冠状病毒不断进化和变异，相继出现多种关切变异株。被科学家命名为德尔塔(Delta)变异株的新型冠状病毒突变株，具有传播力强、感染潜伏期短、致病性强、发病进程快等特点，逐渐成为印度乃至全球主要的流行毒株，并导致多个国家和地区的疫情反弹。

因此，本领域技术需要能够快速、准确方便的检测德尔塔(Delta)变异株的方法和试剂盒，以满足临床和公共卫生管理的需求。

发明内容

本发明针对新型冠状病毒及其德尔塔(Delta)变异株开发了检测的方法和试剂盒，以便能够高效率、高特异性、低成本的对核酸样本进行检测，并且需要保证检测结果的可靠性。

在本发明的第一方面，提供了一种用于检测新型冠状病毒及其德尔塔(Delta)变异株的引物对集，所述引物对集包括第一引物对组，所述第一引物对组包括第一引物对和第二引物对：

其中，所述第一引物对特异性扩增新型冠状病毒ORF1ab基因，所述第一引物对包括：

如SEQ ID NO.10所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.11所示的反向引物；

所述第二引物对特异性扩增新型冠状病毒德尔塔变异株S基因P681R位点，所述第二引物对包括：

如SEQ ID NO.7所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.8所示的反向引物。

在另一优选例中，所述引物对集还包括第三引物对，所述第三引物对特异性扩增新型冠状病毒德尔塔变异株S基因L452R位点，所述第三引物对包括：

如SEQ ID NO.1所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.2所示的反向引物。

在另一优选例中，所述引物对集还包括第四引物对，所述第四引物对特异性扩增新型冠状病毒德尔塔变异株S基因T478K位点，所述第四引物对包括：

如SEQ ID NO.4所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.5所示的反向引物。