[发明专利]一种用于预测癌症疗效和预后的方法及其装置和应用

权利要求书

1.一种用于预测癌症疗效和预后的装置，其特征在于，其包括：

获取模块，用于获取待测样本分子标志物的检测数据；所述分子标志物包括第一标志物和第二标志物；所述第一标志物包括肿瘤突变负荷、HLA基因型和PD-L1蛋白表达；所述第二标志物的获取方式为：针对不同的治疗方式，根据客观缓解率和无进展生存期，对基因组特征进行筛选，将与治疗方式的疗效和预后显著相关的基因组特征标记为第二标志物；所述基因组特征包括：体细胞突变、拷贝数变异、肿瘤新抗原负荷、杂合性缺失、瘤内异质性和基因组不稳定性中的至少一种；

计算模块，用于通过待测样本分子标志物的检测数据，计算T-index，T-index＝分子标志物状态为对疗效和预后有益的分子标志物的数量/分子标志物的总数。

2.根据权利要求1所述的用于预测癌症疗效和预后的装置，其特征在于，所述肿瘤突变负荷的计算公式选自TMBa、TMBb、TMBc和TMBd中的任意一种：

TMBa＝错义突变的数目/测序范围的长度；

TMBb＝(错义突变的数目+同义突变的数目)/测序范围长度；

TMBc＝(错义突变的数目-同义突变的数目)/测序范围长度；

TMBd＝(错义突变的数目+同义突变的数目-热点突变的数目)/测序范围长度。

3.根据权利要求1所述的用于预测癌症疗效和预后的装置，其特征在于，所述肿瘤新抗原负荷＝肿瘤新抗原数目/测序范围长度；

优选地，所述杂合性缺失的检测指标包括：发生LOH的区域占整个基因组的比例；和/或，发生在LOH区域的基因突变的数目；

优选地，所述瘤内异质性的检测指标包括(a)～(d)中的至少一种：

(a)等位基因突变的肿瘤异质性MATH；

(b)晚期突变比例pLM；

(c)克隆的数目；所述克隆为：对每个样本中的突变进行聚类，每一类归为一种克隆；

(d)样本中的香农-维纳多样性指数(Shannon's Diversity Index,SI)，SI＝∑(Pi)(lnPi)，Pi为每种克隆的CCF；

优选地，所述基因组不稳定性的检测指标包括：肿瘤细胞中包含的染色体组数和/或全基因组加倍。

4.根据权利要求1～3任一项所述的用于预测癌症疗效和预后的装置，其特征在于，所述分子标志物还包括第三标志物，所述第三标志物为现有被报道过的与癌症的疗效和预后相关的分子标志物。

5.根据权利要求1～3任一项所述的用于预测癌症疗效和预后的装置，其特征在于，所述治疗方式选自：免疫治疗、靶向治疗和化疗中的至少一种；

优选地，所述治疗方式为初治或复治；

优选地，所述癌症为肺癌，更优选为非小细胞肺癌。