[发明专利]一种用于预测癌症疗效和预后的方法及其装置和应用

说明书

本发明公开了一种用于预测癌症疗效和预后的方法及其装置和应用，涉及生物医学技术领域，本发明通过对样本的基因组特征进行分析和梳理，筛选出了对临床疗效和预后有显著预测作用的分子标志物，通过计算每个样本中分子标志物的状态与治疗方式的匹配度，对治疗方式的疗效和预后进行有效预测，从而使得患者能够及时地选择更有效的治疗方式，在降低治疗成本的情况下，提高了癌症治疗率，延长了患者的生存期限。

技术领域

本发明涉及生物医学技术领域，具体而言，涉及一种用于预测癌症疗效和预后的方法及其装置和应用。

背景技术

癌症的传统临床治疗手段包括手术、放疗、化疗及其靶向治疗，但总体生存率有限。越来越多的研究不断证实癌症是一种基因变异导致的疾病，而以手术、化疗和放疗为主的传统治疗方法对患者生存期的延长已进入一个瓶颈期。随着研究的不断深入，对疾病认识的不断加深，新的治疗方式和药物不断涌现，对其的治疗也从以往的经验医学和循证医学逐步发展为如今的精准医疗(precision medicine)。

目前，肺癌中的精准医疗主要包括靶向治疗和免疫治疗。在最新的《NCCNguidelines》2021 V5中，已对非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者明确推荐进行EGFR(19del、L858R、Exon 20insertion、T790M)、ALK(Fusion)、ROS1(Fusion)、BRAF(V600E)、NTRK(Fusion)、KRAS(codon 12mutation)、RET(Fusion)、ERBB2(mutation)、RET(amplification and exon 14skipping)等基因变异的检测，并且针对含有这些基因变异的患者，推荐使用对应的靶向治疗药物。以EGFR突变为例，尽管大多数携带EGFR敏感突变的NSCLC患者对EGFR酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitors,TKIs)反应良好，但仍有20-30％的患者对EGFR-TKIs原发性耐药，提示临床研究者，在使用EGFR-TKIs时，仅考虑EGFR是否具有敏感突变，可能对于存在原发性耐药的肺癌患者来说是不够的。

近十年来，随着肿瘤免疫疗法的蓬勃发展，以程序性死亡受体1(programmed celldeath-1,PD-1)及其配体1(programmed cell death 1ligand 1,PD-L1)PD-1/PD-L1单抗为代表的免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)为晚期NSCLC的治疗带来了突破性的进展，已成为目前NSCLC治疗的热点。针对PD-1/PD-L1和T淋巴细胞相关抗原4(cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4,CTLA-4)的单克隆抗体已在多个国家被批准用于NSCLC治疗。目前FDA已经批准了四个不同PD-1/PD-L1单抗用于NSCLC的治疗。PD-L1作为免疫治疗的预测性标志物已在多个免疫治疗临床试验中被证实，并且是目前唯一被证实能够指导免疫治疗的伴随诊断。KEYNOTE-001研究显示针对PD-L1表达≥50％的晚期NSCLC患者中，初治和复治患者的5年生存率分别为29.6％和25％，而PD-L1阴性的人群5年生存率仅为3.5％，可见PD-L1检测可以高效地协助临床筛选免疫治疗获益人群。但以抗PD-1抗体为代表的ICIs在晚期NSCLC中单药的临床客观缓解率(objective responserate,ORR)仅为20％左右，仍有80％的肺癌患者对ICIs产生原发性(定义为无影像学的客观反应和治疗持续时间＜6个月)或获得性(有客观反应或治疗持续时间≥6个月)耐药。可见PD-L1表达远非理想的伴随诊断标志物，原发性和获得性耐药仍是影响免疫治疗疗效的主要因素之一。