[发明专利]用于检测甜瓜种皮颜色SNP分子标记及其应用

权利要求书

1.一种甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记在鉴定甜瓜种皮颜色中的应用，其特征在于，所述位点位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A。

2.一种甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记的检测引物在鉴定甜瓜种皮颜色中的应用，其特征在于，所述位点位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A。

3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述引物的上游引物核苷酸序列为TAACAACTAGCTCATTGGTCG，其下游引物核苷酸序列为TCCTTTCTAAGGGTCATTGTTTTC。

4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，以待测甜瓜样本基因组为模板，用所述引物进行扩增，对扩增产物用限制性内切酶TaqI进行酶切，再通过电泳进行检测。

5.一种甜瓜种皮颜色基因型的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

a. 待测甜瓜样品的DNA提取，优选地利用改良CTAB法提取甜瓜植株总DNA；

b. PCR扩增：以所述提取的DNA为模板，用引物进行扩增，所述引物如下：

上游引物核苷酸序列为TAACAACTAGCTCATTGGTCG，其下游引物核苷酸序列为TCCTTTCTAAGGGTCATTGTTTTC；

优选地，反应体系为：甜瓜植株总DNA 1μL、上游引物 0.5 μL、下游引物 0.5 μL、2×Taq Master Mix 5 μL、ddH₂O 4 μL；

反应程序为：94℃ 4 min，36个循环的94℃ 15 s、54℃ 16 s、72℃ 30 s、72℃ 4 min；

c. 酶切反应，用TaqI限制性内切酶对扩增产物进行酶切，优选的，其反应体系为：PCR产物5 μl，TaqI限制性内切酶0 .2μl，10×buffer 1μl，ddH₂O 3.8 μl；反应程序为：65℃恒温处理2小时；

d. 电泳图谱分析：对所述酶切产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳、显影、染色和带型判读，如果仅存在164bp的条带，待甜瓜为甜瓜黄色种皮基因型，若仅存在185bp的条带，待甜瓜为甜瓜褐色种皮基因型，如果存在这两种条带，待甜瓜为黄色种皮基因型。

6.甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记在甜瓜种皮颜色辅助筛选或育种中的应用，其特征在于，所述位点位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A。

7.如权利要求5所述的一种甜瓜种皮颜色基因型的鉴定方法在甜瓜种皮颜色辅助筛选或育种中的应用。

8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，包括如下步骤：

（1）黄色种皮品种和褐色种皮品种进行杂交，获得杂交种子F₁；

（2）种植F₁杂交种子获得F₂代，对F₂群体单株利用权利要求5所述的鉴定方法进行基因型鉴定；

（3）利用上述（2）中鉴定的基因型结果，根据分子标记的基因型对不同单株进行分类；

（4）优选进一步可利用种皮颜色表型数据进行鉴定和验证。