[发明专利]用于检测甜瓜种皮颜色SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定甜瓜种皮颜色的SNP分子标记及其应用，通过大量研究发现了一种所述甜瓜种皮颜色共分离的SNP位点，位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A；设计SNP位点的dCAPs分子标记；设计一种甜瓜种皮颜色基因型的鉴定方法，将甜瓜dCAPs分子标记在甜瓜种皮颜色分子标记辅助筛选和育种中应用。可为鉴定甜瓜种皮颜色提供新手段。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种鉴定甜瓜种皮颜色的SNP分子标记及其应用。

背景技术

甜瓜(Cucumis melon L.)是葫芦科甜瓜属(2n＝2x＝24)一年生的蔓性草本植物，在世界范围内被广泛种植。甜瓜种皮颜色丰富，是甜瓜重要的农艺性状之一，对种子吸水量、休眠和萌发有一定的影响。种皮由珠被发育而来，对胚和胚乳具有保护作用，在种子的发育过程中有至关重要的作用。研究表明，类黄酮类物质影响种皮颜色，类黄酮生物合成途径中的基因和转录因子调控种皮颜色的形成，而且其中一些基因还参与调控种子储藏物质的积累过程。

甜瓜种皮颜色丰富，但相关研究较少，张可鑫等(2018)1496-1503发现甜瓜种皮颜色(白色vs黄色)为质量性状，已将控制种皮颜色(白色vs黄色)的基因初步定位在第5连锁群。梁长志(2019)6-10的研究认为甜瓜种皮颜色(黄色vs红色)为一对基因控制的质量性状，且黄色对红色为显性。目前还未见控制甜瓜种皮颜色候选基因的相关报道。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种甜瓜种皮颜色相关的SNP分子标记和应用，确定甜瓜种皮颜色的基因型。

为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

一种甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记在鉴定甜瓜种皮颜色中的应用，所述位点位于甜瓜基因组6号染色体11,967,142bp处，其碱基由G突变为A。

同时，本发明还提供一种甜瓜种皮颜色相关的SNP位点的dCAPs分子标记的检测引物在鉴定甜瓜种皮颜色中的应用，所述引物的上游引物核苷酸序列为TAACAACTAGCTCATTGGTCG(SEQ ID NO.5)，其下游引物核苷酸序列为TCCTTTCTAAGGGTCATTGTTTTC(SEQ ID NO.6)。

所述的应用，以待测甜瓜样本基因组为模板，用所述引物进行扩增，对扩增产物用限制性内切酶TaqI进行酶切，再通过电泳进行检测。

本发明还提供一种甜瓜种皮颜色基因型的鉴定方法，该方法包括以下步骤：

a.待测甜瓜样品的DNA提取，优选地利用改良CTAB法提取甜瓜植株总DNA；

b.PCR扩增：以所述提取的DNA为模板，用引物进行扩增，所述引物如下：

上游引物核苷酸序列为TAACAACTAGCTCATTGGTCG，其下游引物核苷酸序列为TCCTTTCTAAGGGTCATTGTTTTC。

优选地，反应体系为：甜瓜植株总DNA 1μL、上游引物0.5μL、下游引物0.5μL、2×Taq Master Mix 5μL、ddH₂O 4μL；

反应程序为：94℃4min，36个循环的94℃15s、54℃16s、72℃30s、72℃4min；

c.酶切反应，用TaqI限制性内切酶对扩增产物进行酶切，优选的，其反应体系为：PCR产物5μl，TaqI限制性内切酶0.2μl，10×buffer 1μl，ddH₂O 3.8μl；反应程序为：65℃恒温处理2小时；